主要组织相容性复合体在医学及兽医学实践中的意义
(一) MHC与器官移植 器官移植成败的关键是对供者的选择，即供、受两者的血型必须相符，HLA组织型别尽可能相近。以肾移植为例，同卵双生子之间移植，不用免疫抑制剂，即可长期存活，几乎不被排斥。如亲子之间有一条单倍型相同，则3年存活率约为65%，无关人群移植的存活率要低的多。因此，在移植前进行组织配型，选择与受者组织相容性相同或部分相同的供体移植物，可显著降低排斥反应发生的频度和强度，从而延长移植物的存活时间。
(二) MHC与疾病 1976年在巴黎召开了第一届HLA与疾病的国际会议，根据各国不同实验室对个人、家系以及群体HLA型别的鉴定分析资料，确认一些疾病的发生与HLA有关，即有些疾病的发生与发展有遗传倾向，至目前为止，已陆续发现人类将近有50种疾病与HLA的一种或几种抗原相关。如自身免疫性疾病、类风湿性综合征、过敏性疾病和某些肿瘤等。与疾病发生有关的主要基因位点在人是D和DR位点。HLA与这些疾病相关的原理目前还未完全弄清楚，只是有以下两个假设提出来：①连锁基因假设(linked-gene hypothesis)，认为是编码某种HLA抗原的基因与疾病易感基因连锁在一起，形成了连锁不平衡现象，认为是引起疾病的原因；②分子模拟假设(molecular mimicry hypothesis)，认为某些HLA抗原的分子结构与某种病原微生物相似，使机体对该种微生物抗原产生有害的交叉免疫耐受性，导致机体不能产生有效的免疫应答。
对HLA与疾病关系的研究，在临床医学上具有重要意义，可以辅助诊断，阐明疾病与遗传因素的关系，还可根据HLA预测疾病，提出针对性的预防措施和疾病预后的推测。
(三) MHC与法医鉴定 由于HLA复合体的高度多态性，在无关个体间HLA表型全相同的机率极低。故HLA被看作是伴随个体终生的特异性遗传标记。借助HLA基因型和(或)表现型检测鉴定，可用作法医上的个体识别。另外，由于HLA的高度多态性，以及单体型遗传的特点，使HLA分型成为鉴定亲子关系的重要手段。
MHC的存在，使得机体的免疫识别功能更为丰富，更为微妙。抗体的多样性，受体的多样性，使机体能应付外界千变万化的抗原性刺激。MHC的多态性和遗传上连锁不平衡，使杂交优势得以保证。因此，MHC存在的意义，绝不应低估仅在与移植及疾病关联的水平上，而应理解为天生万物所以演变至今日成为可能，MHC的存在是一个重要基础。
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