小鼠
所有动物研究都得到了Gachon大学动物保护和使用委员会(IACUC#lCDI-2014-0045)、茶大学(IACUC#180001)和Konkuk大学(IACUC#KU 18027)的审查和批准。生代DOT1LKo和条件等位基因小鼠在先前的一项研究中被描述过。40。热重Tie2-CRE)(股票#004128),TG(Vav1-iCre)(股票#008610),LYVE 1EGFP/CRE(股票#012601),rosa 26克里尔(股票#004847)和R26R(股票#003474)小鼠被购买从杰克逊实验室(酒吧港,美国)。生成TG(PROX 1-CreerT2)60和ckitCreERT 2小鼠61在以前的研究中被描述过。获得DOT1LΔ欧共体, DOT1LΔLEC, DOT1LIΔLEC, DOT1LΔDHSc, DOT1L伊科,和DOT1LΔHE胚胎,雌性DOT1L2F/102 fl小鼠与雄性交配DOT1L2fl/+;CRE(+)或DOT1L2F/102 fl;Creer(+)小鼠;小白蚁DOT1L2fl/2fl;CRE(-)或Creer(-)胚胎作为对照,DOT1L2fl/2fl以CRE(+)或Creer(+)胚胎为实验组。定时交配时,在中午检查阴道塞,并在指定的胚胎日收获胚胎。
若要生成DOT1L高表达等位基因,4.6kb全长小鼠DOT1LcDNA克隆入pBSApBpACAGftIGn载体62在SFII站点,以及PAC我-ASC将pBSApBpACAGftIGn载体的I片段亚克隆到pROSA26PAS中。63含向量CAGG启动子和IRES-EGFP。经电穿孔和普罗霉素筛选,从胚胎干细胞中提取基因组DNA,用生态和用Southern杂交分析;预期尺寸生态基因敲入(Ki)和野生型等位基因的RI酶切片段分别为6.8和15.6kb。标准协议用于生成DOT1LKi嵌合小鼠64。获得mDOT1LLECOE和mDOT1LECOE品系:Ki雌性小鼠与雄性小鼠杂交。LYVE 1EGFP/CRE和TG(Tie2-CRE)线。
对胚胎和动物卵黄囊或尾尖进行基因分型,用25 mm NaOH溶液在95℃下裂解2h,经1M Tris-Cl中和后,以最大速度离心,以含基因组DNA的上清为模板进行PCR扩增。扩增条件为:95℃变性5 min,95°C变性35次,58℃退火30 s,72°C扩增30s。
为诱导CRE活性,将溶解在玉米油(0.5 mg/25 g或1.25 mg/25 g)或4-羟基他莫昔芬(H 6278,Sigma)中的他莫昔芬(T 5648,Sigma)腹腔注射到孕雌体内,并于指定时间采收胚胎器官。
整体式染色、成像和量化
取胚/器官按样品大小在4°C下固定2%多聚甲醛,用PBS洗涤,在甲醇系列(25、50、75和100%)中脱水15 min,每步15 min,在室温下旋转,在蒸馏水(1:2=蒸馏水:15%DMSO在甲醇中)过夜(O/N)。漂白后,用50%甲醇、25%甲醇和PBS分别在50%、25%甲醇和PBS中连续再水化15 min,用0.1%PBST×100(0.1%TritonX-100,PBS中0.1%TritonX-100)漂洗2h。Then,samples were incubated in blocking solution(0.1%PBST×100 with 3%milk/5%normal serum)and in primary antibodies against CD31(550274,BD Pharmingen),Lyve1(11-034,AngioBio),Endomucin(Emcn,sc-65495,Santa Cruz Biotechnology),Ter119(550565,BD Pharmingen),and Nrp2(AF567,R&D Systems)O/N at 4°C.After washing,samples were incubated with secondary antibodies O/N at 4°C,washed in PBST,fixed in 4%paraformaldehyde,and analyzed under a confocal laser microscope(LSM700,Carl Zeiss).利用z叠加函数得到胚胎和器官图像的最大强度投影.与原抗体反应后,用4°C与生物素结合的次级抗体O/N洗涤,与亲和素-生物素复合物(ABC,PK-6100,载体实验室)共同孵育,在4°C下用O/N溶液处理,用3,3‘-二氨基联苯胺溶液(SK-4100,载体实验室)处理,直至显色。
X-半乳糖染色用固定液(1%甲醛,0.2%戊二醛,2mm MgCl)孵育胚胎。25 mm EGTA,0.02%np-40在pbs中用pbs冲洗10 min,在x-gal溶液(5 Mm K)中染色。4Fe(CN)6,5毫米K3Fe(CN)6·3H2O,2mm MgCl2、0.01%去氧胆酸钠、0.02%NP-40和0.75 mg/ml X-半乳糖(100 mm磷酸盐缓冲液)O/N(37°C)。
用全小肠(空肠至回肠)测量LYVE 1(+)淋巴管复盖率。DOT1LΔ欧共体, DOT1LΔLEC, DOT1LIΔLEC, DOT1LΔDHSc, DOT1L伊科, DOT1LΔHE,mDOT1LLECOE,和mDOT1LECOE肠系膜。然后,测量LYVE 1(+)覆盖范围,收集与emcn(+)血管平行的淋巴管,分为无淋巴管(无淋巴管)、≥50%(肠系膜淋巴管超过半数的动物)、<50%(肠系膜内淋巴管不足一半的动物)和完全(连续淋巴管)(如一项研究所述)。4。在胚胎头、膈肌、心脏和皮肤的血管形态计量学分析中,选择实验组和对照组的解剖匹配区域,用Zen(Carl Zeiss)和ImageJ软件测量LYVE 1(+)或CD 31(+)血管分支点或长度。m的LYVE 1(+)面积的量化DOT1LECOE和mDOT1LLECOE根据ImageJ软件的图像量化协议,对肠系膜、LYVE 1(+)采集淋巴管的像素值进行测量。
免疫组织化学
取胚用2%PFA溶液O/N固定4°C,用PBS洗涤,用50、70、95和100%乙醇连续脱水30 min,每步30 min,用二甲苯孵育30 min,石蜡包埋,切成7m切片。切片分别在二甲苯中分离10 min,在100、95、70%乙醇和PBS中连续再水化10 min/步,与抗LYVE 1抗体和抗Emcn抗体(各为1:200)孵育1h。用PBS冲洗后,用二次抗体孵育1 h,用Polink DS-RRT-Hu/MsA试剂盒(DS211A-18,GBI实验室)显色(Emcn为棕色,LYVE 1为红色)。
定量RT-PCR
用RNeasePlus微型试剂盒(74104,Chiagen)从培养的BECs或胚胎LECs中提取总RNA,并根据生产厂家的指示,用更智能的PicoPCRcDNA合成试剂盒(634928,TAKARA)和Advant2PCR试剂盒(639206,TAKARA)合成总RNA。QRT-PCR是在一个STEP One Plus™系统(应用生物系统)中使用快速SYBR绿色主混合(4385616,应用生物系统)进行的。
细胞培养与磁激活细胞分选
从C57BL/6胚胎中获得原代小鼠真皮LECs,并在完整的小鼠内皮细胞培养液中添加补充剂(C57~6064L&M 1168,细胞生物制品)。所有体外细胞培养实验均在第5代内进行,DOT1L灭活培养在含2M EPZ 5676(DMSO,A 12735,Adooq)的LEC培养基中培养7d。对经EPZ 5676处理的LECs进行芯片-Seq分析.在先前的一项研究中描述了从胚胎皮肤中分离LECs的方法。65。E15.5胚胎皮肤用含有II型和IV型胶原酶的培养基和DNaseI(分别为LS 004176、LS 004188和LS 006344;Worthington生化公司)酶解。分离细胞经40 m细胞过滤器过滤20 min后,分别在F4/80和CD 45抗体(分别为13-4801和13-0451;eBioscience)中孵育1h,耗竭巨噬细胞,用山羊抗大鼠IgG包被微球(130-048-101,Miltenyi Biotec)收集。F4/80(-)/CD 45(-)细胞与LYVE 1抗体(13~0443,eBioscience)和次级抗体共同孵育。对LYVE 1(+)LECs进行RNA-Seq和qRT-PCR分析.
慢病毒的产生与细胞转导
用导向RNA(GRNAs)催化死Cas9(Dcs 9)过表达。DOT1L在BECs。预测的gRNA序列DOT1L启动子或5‘DOT1L上游利用CRISPR-ERA和Quilt工具获得。设计的gRNA序列如下:DOT1L-OE1;5‘-TTGTTTGGCGTAAGTCGTGCGTCGGT-3’,5‘-AAACACCGACGCACGCACTCGCCAA-3’,DOT1L-OE2;5‘-CACCGTTTCCGGGCCGCTTC-3’,5‘-AAACGAAGCGGGGACCCGGGAAAC-3’,DOT1L-OE3;5‘-TCCCAGATTTGAACTTCCGCC-3’,5‘-AAACGGCGGGGTCATTCAATCT-3’,DOT1L-OE4;5‘-CCTCGCGGAGGGGGGAGTCCAAG-3’,5‘-AAACCTTGGACTCGCTCCTCCGC-3’。含gRNAs的合成BBS一个位点,四个候选的gRNAs被克隆到BBSI-酶切的gRNA克隆载体(Addgene#53186,53187,53188和53189),并进行测序.然后,用金门法将4种gRNAs及其启动子亚克隆到含dCas9的慢病毒载体(Addgene#59791)中。伦蒂-DOT1LOE病毒就像前面描述的那样产生。66。在DMEM中加入10%FBS和1%Pen/Strep培养HEK293T细胞。一旦细胞达到~85%的汇合率,Lenti-DOT1LOE包装载体[psPAX 2(Addgene#12260)和pMD2.G(Addgene#12259)]用超完美试剂(Chiagen)转染,细胞在Freestyle 293 T培养基中保存。分别于转染后26、38和50h收集含病毒颗粒的上清液,用Am图标Ultracell 100 K柱进行浓缩。将浓缩的慢病毒导入BECs。简单地说,这些细胞被保存在内皮细胞培养基中,当细胞聚集度达到50%时,用聚丁烯(10μg/ml)进行转导。病毒转导后,用血管内皮细胞培养液加入VEGF-C(100 ng/ml)。以Lenti-空病毒为对照。转染后第7天,用FACSAria(BD生物科学)对EGFP(+)细胞进行分类,并进行qRT-PCR分析。
RNA-Seq与分析
对从2~3个生物复制体中提取的混合RNA样品进行了RNA-Seq实验.从对照中提取总RNADOT1LΔ欧共体采用RNeasePlus Mini试剂盒(74134,Chiagen)检测皮肤LECs,用生物分析仪(Agilent)评价其总RNA含量和质量。应用ScriptSeq v2试剂盒(Illumina),将RIN值>7.0的RNA样品用于RNA-Seq文库的制备。在MiSeq(Illumina)上进行了配对末端测序,并使用星型工具(v2.5.2b,v2.5.2b)将读序列映射到MM9小鼠基因组。https://github.com/alexdobin/STAR)67。绘制地图后,用袖扣计算每千粒酶百万(FPKM)片段(v2.2.1)。68工具使用以下特定于链的库夫规范选项:-库-类型=fr-第二链。用David(v6.8)和基因集富集分析(GSEA,v2.2.4)对差异表达基因(DEGS)进行功能注释和富集分析。69用r(v3.3.2)软件包进行统计分析和散点图生成,用整合基因组观察器(IGV)可视化rna-seq结果。70.
芯片-Seq与分析
芯片-Seq实验与三个生物复制/组混合进行。DMSO或EPZ 5676与1%甲醛(F 8775,Sigma)交联10 min,与0.125 M甘氨酸(1610718,Bio-Rad)中和。细胞经冰冷pbs洗涤后,在1.5毫升的试管内,在裂解缓冲液(5 mm管,pH8.0,85 mm KCl,1%NP-40,1 mm pmsf,1×蛋白酶抑制剂鸡尾酒[11836153001,roche])中,4°C离心15 min,离心后,细胞球再悬浮于400μl的胞核裂解缓冲液(50 mm Tris-Cl,pH 8.0,10 mm,pH 8.0,1%SDS,1mm PMSF,1×蛋白酶抑制剂鸡尾酒)中,在4°C核中孵育30 min(Q 500,Q 500)。Qsonica)在4°C下进行20次循环(30 s/30 s,40%振幅),将DNA剪切成300~400 bp的片段。离心后加冰冷稀释缓冲液(50 mm Tris-Cl,pH7.5,150 mM NaCl,0.25%脱氧胆酸钠,1mm EDTA,pH8.0,1%NP-40,1mm PMSF,1×蛋白酶抑制剂鸡尾酒)于上清液中加入剪切染色质,与H3K79me2抗体(ab3594,AbCAM)和Dynabead结合的次级抗体(10004D,LifeTechnologies)O/N在4℃孵育,保存部分非免疫沉淀染色质供输入对照。洗涤后,用蛋白酶K(P2308,Sigma)处理免疫沉淀DNA,用酚/氯仿萃取,乙醇沉淀。将DNA溶于洗脱液(10 mm Tris-Cl,5 mm EDTA,300 mm NaCl,0.5%十二烷基硫酸钠,2.5μg/ml DNase(11119915001,ROCHE))中,用生物分析仪评价其含量和质量。芯片-Seq库是根据制造商的指示使用Truseq芯片样本工具包(Illumina)生成的,原始读取用Bowtie 2(v2.2.9)对齐到小鼠MM9基因组,然后是Samtools(v1.2)。71用于数据安排。使用以下MACS 2调用芯片-Seq峰(v2.1.0)72参数:-B-f BAM-g mm-宽-p 1e-5.NGS地块(v2.61)和seqminer(v1.3.3e)73分别绘制读取平均密度和热图。芯片-Seq读取显示使用IGV。疾病相关基因经DOT1L灭活后,基因表达下调,H3K79me2富集,经独创性途径分析(IPA,Chiagen)鉴定。
统计分析
数据采用正态性检验(Shapiro-Wilk检验)和等方差检验。两组间LYVE 1(+)区、血管分支点和淋巴管长度连续数据的差异有统计学意义(P<0.05)。t使用GraphPad Prism 5(v5.01,GraphPad软件)进行测试。结果表示为平均±S.E.M.,以及p-小于0.05的数值被认为是重要的。