用多肽合成仪合成多肽与基因工程重组表达的多肽各优缺点
1，肽链长短：合成仪或人工合成，可以高效快速合成短肽，比如一天就可以合成好几克的二肽，三肽，四肽。用基因表达就显得操作复杂。不过基因表达可以高效率合成长肽，比如超过80AA，甚至更长。合成仪或人工合成 长肽就显得费时，正确率还不能保证，错了得重新来。
2，修饰多肽：合成仪或人工合成在这方面比较灵活，也很成熟，以有机化学为基础，可以合成非常多的修饰，包括各种环肽，荧光标记肽，淬灭肽，药物载体肽，PEG肽，抑制剂肽等等，满足科研需求。而基因合成多肽，在这方面会受限制，当然基因法也有擅长的修饰，比如磷酸化修饰等。
3，多肽活性：这个虽然没有做过对比试验，但是我觉得合成仪或人工合成的多肽 接触很多化学试剂，对多肽空间结构有影响，进而对活性有影响。基因合成多肽毕竟利用的是生物方法，活性一般会好些。不过合成仪或人工合成的多肽也可以复性，增加活性。
4，多肽设计：因为受表达限制，基因合成多肽方法，大多限于20种常规氨基酸的组合，而合成仪或人工合成合成多肽，一般市场上能买到的保护氨基酸，都可以连接到多肽上，包括D型氨基酸、β氨基酸、带烯基，炔基，叠氮的氨基酸、带杂环的氨基酸等等。
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