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蛋白质组学相关问题与解答(一)

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发表时间:2018-08-25 14:47作者:武汉新启迪Xinqidi来源:http://www.qidibio.com

1.为什么通过elisa、WB能检测到的蛋白在itraq实验中没有检测到?

     人血浆中的蛋白是有上万种的,而一般质谱只能检测到五六百种,也就是说只占了其中的百分之几,这是普遍现象,说明咱们的方法是不存在问题的;其次,ELISA/WB与质谱相对来说灵敏度不一样,前者具有放大效应,因为其间会用到相应的抗体,所以只要选对抗体,感兴趣的蛋白基本都会被检测到;因此, ELISA/WB检测到的蛋白在组学中没有被检测到也是正常的。


2.itraq的结果,用elisa验证了两个差异蛋白,发现都是阴性结果,是什么情况,出现阴性的概率有多大?一般我们会提到这个概率吗?

     iTRAQ结果中,选择的蛋白是否得分够高,变化倍数大不大,选择的抗体特异性是否好,都可能会影响WB和iTRAQ的结果,如果以上三方面没有什么问题的话,基本上80%还是方向一致的。


3.iTRAQ、TMT、Labe lfree实验用的是什么质谱仪,其定量是基于一级质谱还是二级质谱?

      基于LC-MSMS的实验技术主要使用的是ABI5600-Triple-TOF,同时公司也具有Thermo Q-Exactive质谱仪平台,部分实验项目使用的是QE-Exactive完成。其中标记定量技术iTRAQ和TMT是依据二级质谱的报告基团离子峰进行定量,而Labe lfree是基于一级质谱峰进行定量。


4.蛋白组学实验文章一般发表在哪些期刊上,各有什么区别?

MCP(molecular & cellular proteomics(影响因子7分左右)

JPR(journal of proteome research(影响因子5分左右)

Proteomics(影响因子4分左右)

Journal of Prteomics(影响因子4分左右),

Electrophoresis(影响因子4分左右),

Plos One(影响因子3分左右),

其它的杂志还包括BMC Genomics, Expert Rev Proteomics, BMC Syst Biol, OMICS, Proteomics Clin Appl, Proteome Sci


5.有两个Mix混样,在计算差异表达蛋白时如何使用?

     计算差异表达蛋白时,将WT组(113、114、115)与Mix1(119)和Mix2(121)的比值取平均值,APO1组(116、117、118)与Mix1(119)和Mix2(121)的比值取平均值,平均值再进行差异筛选。


6.生物学重复和技术重复的区别?

      生物学重复是指不同生物个体或者不同生物群体的样品之间进行地相同处理而进行的实验,而技术重复是指同一样品进行的多次相同实验。举例:对来自三只健康小鼠A、B、C的血清样品分别各进行一次双向电泳,这三次双向电泳就是生物学重复;而取其中一只小鼠的血清样品进行三次双向电泳,或者将三只小鼠的血清混合后的样品进行三次双向电泳,这三次实验就是技术重复。总结生物学重复的样品来自不同的个体或者是群体,重复之间样品不同;而技术重复的几次实验的样品完全相同,可以来自单一个体,也可以是多个个体的混合样品,但用于重复实验的样品完全一样。


7.结果报告中怎么没有差异多肽的定量?

      多肽组质谱数据进行搜库匹配后的结果会进行归一化整理并寻找差异多肽,所以说差异多肽的定量结果是有的,且以Excel发给客户,报告中一般会提及差异多肽的个数,具体的定量信息如果客户有需求也是可以添加的。


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