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用单细胞itChIP-seq分析染色质状态

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发表时间:2019-05-16 08:37作者:武汉新启迪Xinqidi来源:www.qidibio.com

用单细胞itChIP-seq分析染色质状态


摘要

染色质状态的单细胞测量,包括组蛋白修饰和非组蛋白结合,仍然具有挑战性。这里,我们提出了一种低成本、高效、同时索引和基于标记的芯片序列(itChIP-seq)方法,与低细胞输入和单细胞兼容,用于染色质状态的分析。它将染色质开放、同时细胞索引和染色质标记结合在一个试管中,使得每次检测能够处理数十个单细胞的样品,更常见的是处理数千个单细胞的样品。我们证明了单细胞信息技术序列(sc-itChIP-seq)每个细胞产生大约9,000个独特的读数。利用sc-itChIP-seq分析H3K27ac,我们充分捕捉了细胞命运从幼稚向诱导多能性转变过程中最早的表观遗传诱导事件,并揭示了在双能心脏祖细胞分化为内皮细胞和心肌细胞过程中使用细胞类型特异性增强子的基础。我们的结果表明,itChIP是一种广泛应用的技术,用于表观遗传异质性细胞群体在许多生物过程中的单细胞染色质谱分析。

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