| 修饰类型 | 修饰名称 | 特点及应用 |
| 反义DNA合成 | 硫代 | 硫代修饰(Phosphorthioate)的寡核苷酸主要用于反义实验中防止被核酸酶降解。您可以选择全硫代，但随着硫代碱基的增加，寡核苷酸的Tm值会降低，为了降低这种这种影响，可以对引物两端2-5个碱基进行硫代修饰，通常可以选择5'和3'各3个碱基进行硫代修饰。 |
| 2氟代核糖核酸 | A和G因为其比较复杂的化学结构而难于合成，一般常用的2氟代的有C和U. | |
| 2'-O-甲基核糖核酸 | 在RNA的修饰中， 2'-O-甲基核糖核酸(2'-O-甲基-RNA)修饰普遍存在于tRNA 和其他转录后调控的小RNA中，含有2'-O-甲基核糖核酸寡核苷酸片段可以被直接合成，这个修饰可以增加RNA：RNA duplexes的Tm值，但是对于RNA:DNA的稳定性将会有微小的改变，如果期待以单链核酸的形式被进攻，他是稳定的，并且是典型的5-10个折叠，比DNA更不易与DNases相结合，作为能够稳定增加与目标信息结合能力的有效工具，2'-O-甲基核糖核酸修饰被普遍应用于反义寡核苷酸。 | |
| 5-甲基脱氧胞嘧啶 | 每个脱氧胞嘧啶被5-甲基脱氧胞嘧啶(5-Methyl Dc)取代后其熔点温度将会增加0.5℃，另外当寡核苷酸片段植入活体内引发一些不必要的免疫反应，5-甲基脱氧胞嘧啶在CpG 修饰中的出现将会阻止或限制这些反应，这一点在反义核酸应用中是非常重要的一方面。 |
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