您好,请问有什么可以帮到您的。 点击这里给我发消息
武汉新启迪生物科技有限公司
新启迪-您的生物科研好伙伴!2008-2021
Wuhan Xinqidi Biotech Co.Ltd
本企业通过iso9001质量体系认证

大肠癌基因组图谱鉴定PHF 19和TBC1D16为致癌超级促进剂。

 二维码
发表时间:2021-11-15 10:23作者:武汉新启迪Xinqidibio

摘要

结直肠癌是世界上最常见的癌症之一。虽然基因组突变和单核苷酸多态性已经得到了广泛的研究,但大肠癌患者组织中的表观基因组状况仍不清楚。在此,结合基因组和转录分析,我们使用芯片-Seq来分析大肠癌配对患者组织(来自同一患者的肿瘤和邻近组织)基因组水平上的活性增强子。共对73对结直肠癌组织进行测序,得到147例H3K27ac芯片-Seq、144例RNA-Seq、147例全基因组测序和86例H3K4me3芯片-Seq样本。我们的分析确定了5590个增益和1100个缺失的变异增强子位点在大肠癌中,334个增益和121个丢失的变异超级增强子位点。通过主成分分析和核心调控电路分析预测结直肠癌中多个关键转录因子。进一步的实验验证了超级促进剂的作用。PHF 19TBC1D16在调节大肠癌的发生过程中,KLF 3被认为是大肠癌中的一种致癌转录因子。综上所述,我们的工作为结直肠癌表观遗传学研究提供了重要的表观基因组资源和功能因子。

导言

转录因子(TFs)与促进剂的结合是转录激活的关键步骤之一。近年来,表观基因组学的发展揭示了活性增强子和沉默增强子的新特征,为多个研究领域的转录调控研究提供了线索。1,2,3,4,5。染色质表观遗传标记是细胞鉴定的重要标志,与转录因子共同调节转录。2,6,7。组蛋白修饰标记染色质上的增强子,对其活性至关重要。H3K4me1是启动促进剂的标志;7,8活性促进剂为H3K27ac,平衡促进剂为H3K27me3。1。虽然最初的发现来源于介体亚基的芯片-seq,但目前在基因间染色质中的h3k27ac被广泛应用于活性增强子的鉴定。6,9,10。此外,人们还发现,许多基因往往受到多种增强子的调控,并且这些增强子的状态因细胞类型的不同而不同。1,4。因此,如何对信号通路和选择性基因转录调控增强子的活性,已成为许多领域研究的热点问题。

先驱研究假设增强剂活性的增加是癌症的共同特征之一。6,11,12,13,这得到了最近在病人和动物模型方面的一些研究的支持。10,14,15。然而,目前还不清楚它是所有癌症的共同特征还是其中的一部分。有趣的是,许多与表观基因调控增强子活性相关的基因在癌症中经常发生突变,例如赖氨酸甲基转移酶2C/D (KMT2C/D,也被命名为Mll3/4), E1A结合蛋白p 300 (EP300), CREB结合蛋白 (CEBBP), 赖氨酸脱乙基酶6A (KDM6A,也被命名为UTX)和赖氨酸脱乙基酶5C(KDM5C)12,16,17,18,19,20。此外,含有溴结构域4(Brd 4)的抑制剂,是h3k27ac增强剂的一种读取器,在癌症治疗中被证明是有效的。21。因此,迫切需要澄清促癌药物在癌症中的作用及其潜在机制。

研究表明,控制关键致癌基因转录的增强子,如MYC原癌基因 (MYC),区分不同类型的癌症22。这可能是由于信号网络激活的转录因子在不同的癌细胞中有很大的差异,从而导致增强子在不同的基因组突变和上游信号的作用下以不同的方式被激活。因此,增强子谱可以反映不同癌症的特征,并可用于分类。10,13,23,24,25。在胰腺癌、鼻咽癌和透明细胞肾癌等多种癌症中,通常采用h3k27ac芯片-seq进行全基因组活性增强子谱分析。10,14,26。一项利用tcga rna-seq数据进行的泛癌研究还分析了全球增强子的分布。24但由于很大一部分增强子RNA难以检测,因此该方法不太可靠。

结直肠癌(CRC)是世界上最常见的癌症之一。近年来关于DNA甲基化异常的研究已引起诊断界的广泛关注,表观遗传调控已成为CRC的重要调控因素之一。27,28,29,30,31,32。一些小组已经研究了活性增强子在crc中的全基因组分布。23,33。早期的研究以H3K4me1为标记,不适合鉴定功能性活性促进剂。23。H3K4me1标记启动增强子,它不代表基因组中的功能增强子。最近的一项研究以正常结肠上皮细胞、crc细胞株和4例原发性结直肠肿瘤为研究对象,用h3k27ac芯片seq分析活性增强子的基因组差异。33。弗莱贝等人还在少数直肠癌组织中进行了h3k27ac,但没有分析肿瘤特异性增强子的特征。34...这些研究使用的临床样本很少,不能反映CRC组织的真实临床特征,对增强CRC的研究也没有多大帮助。

本文通过对73对CRC组织(肿瘤组织与癌旁组织)进行H3K27ac芯片-seq分析,并进行了相应的基因组和转录序列分析,建立了CRC中活性增强子的综合图谱。我们鉴定了与CRC有关的数千种增强子和多个TFs,并对其中一部分进行了实验验证,为CRC的未来研究提供了重要的表观基因组资源和研究候选。

结果

CRC患者组织中增强子分布的全基因组研究

为了全面了解大肠癌患者组织中活性增强子的全基因组观,我们从大肠癌患者中收集了80对组织(肿瘤及癌旁组织)。这些组织取自武汉大学中南医院(武汉)接受外科治疗的患者,在采集组织时没有具体的标准。患者多来自中国华中地区,尤其是湖北省。我们优化了芯片-Seq协议,并对这些样品进行了H3K27ac芯片-Seq,以及相应的mRNA和输入DNA测序。一些样本在研究中失败了,最终,我们从74个CRC组织和73个本地组织中获得了高质量的测序数据,其中73个是配对的。1A,补充图。沙一和补充数据1)。我们还对43对组织进行了H3K4me3芯片-Seq。共获得高质量测序样品524份,其中H3K27ac 147份,H3K4me3 86份,RNA-Seq 144份,基因组测序样品147份(Sup)。数据2),为CRC研究提供了重要的表观基因组信息。

图1:CRC患者组织中活性增强子的注释。
figure1

A研究CRC患者肿瘤和自然组织增强子景观的实验工作流程。B大肠癌患者肿瘤及自然组织中增强子成分的基因组分布。C饱和分析显示,随着肿瘤标本的增加,新获得的增强剂所占的百分比与总显着性增强剂相比较。D人基因表达的折叠变化(FC)和p.adj比较肿瘤组织和自然组织。红点代表肿瘤上调基因,蓝点代表天然组织上调基因,灰色点代表基因没有改变。E归一化芯片-seq和rna-seq Meta轨迹显示h3k27ac和mrna信号MYC启动子和增强子位点。F我们的患者数据与20个Coad细胞株(GSE 77737,Andrea J.Cohen等)之间的增强子位点重叠。G在本研究中发现的新增强子在CRC中所占的百分比。

在生物信息学分析方面,我们首先通过远离转录起始点(TSS)的H3K27ac峰来鉴定每个组织中的活性增强子。为了避免人工结果的干扰,至少在两个样品中出现的促进剂被认为是显著的促进剂。我们的分析显示,在土著组织中共有27,156种显著增强子,在肿瘤组织中有39,207种,其中大部分分布在基因内含子和基因间区域,如图所示。1B和补充图。S2A)。同时,我们分别在自然组织和肿瘤组织中分别鉴定了9896和10663个活性启动子(附图)。S2A)。饱和分析表明,用不到40对样本进行分析时,肿瘤的增敏剂达到80%,50对左右的增加率达90%,表明本研究中使用的样本大小足以进行统计分析(图一)。1C)。我们从公共数据库下载了CRC细胞系HCT 116中的H3K4me1(ENCODE,ENCFF557VIT)和BRD 4(GEO,GSM 3593876)芯片-seq数据,并计算了重要CRC肿瘤增强位点H3K4me1和BRD 4信号的RPM值。我们的分析表明,我们研究的H3K27ac峰与已发表的BRD 4和H3K4me1信号(Sup)有很好的相关性。无花果。S2B&C)。我们的RNA-Seq分析发现2226个上调的不同表达基因(DEGS)和1979年下调的DEGS在CRC肿瘤中的表达(图)。1D)。与TCGA数据相比,多个DEG重叠(SUP)。无花果。S2D)。有多个增强子的基因所占的比例(Sup)。无花果。S2E). MYC是众所周知的癌基因22结果发现,在63对肿瘤组织中,MYC的表达率为87.5%,是相应组织的2倍以上。H3K27ac轨道对其增强器显示为一个例子(图)。1E)。在邻近的自然组织中,MYC其增强子和ERNA上的H3K27ac信号与背景非常接近;在肿瘤组织中,MYC高表达,并伴有H3K27ac在其增强子和Erna表达上的升高(如图所示)。1E)。一项早期研究报告了多个CRC细胞株和少数CRC样本中的活性增强剂。33。两项研究的比较表明,我们在CRC中发现了11796种不同的主动促进剂,占总促进剂的32.4%。1F,G).

肿瘤变异增强子位点的鉴定

为了确定肿瘤中特异性的活性增强子,我们首先对所有标本的增强子进行了比较,发现与相应的相邻组织相比,某些组织的H3K27ac峰(小于2500)或变异增强子位点(VELS,小于500)的数目相对较少(附图)。S3A和B)。我们认为这可能是因为抽样问题。因为当我们使用随机的临床解剖组织进行实验时,有可能一些组织样本中只有很少的细胞,或者它们的大部分细胞实际上与它们相应的细胞非常相似。所以,我们在下面的统计分析中排除了它们。我们总共确定了6690个重要的Vels,包括5590个增益Vels和1100个失落的Vels(图1)。2A,补充数据35该管道在附图中显示。S3C。在14例和19例复发阈值下,95%的增益和丢失VELS具有统计学意义(q-数值<0.1,成对t-测试,本雅明-霍奇伯格修正;图。2B)。支持这些分析的可靠性,显著增益VELS在肿瘤中的H3K27ac水平高于本地组织,而在显著丢失的VELS中则相反(补充图1)。S3D和E)。同时,与增益Vels相关的基因在肿瘤组织中的表达高于自然组织,而缺失的Vel相关基因在肿瘤中的表达被广泛抑制;表达变化的幅度与每个基因的Vels数呈正相关(补充图)。S3F)。接近于IL20RAFOXQ 1失去的藤蔓PPARGC1B如图所示。2C,补充图。S3G和H)。所鉴定的VELS可以很好地区分自然组织和肿瘤组织(图1)。2A)。人类疾病本体论和GO分析表明增益Vels的相关基因与CRC高度相关。二维空间和补充图。S3I),而丢失的VELS与正常结肠功能有关(补充图)。S3J)。为了进一步评价H3K27ac或增强子信息在鉴别肿瘤和正常组织中的作用,我们利用基因表达信息、H3K27ac基因增强子信息和H3K4me3启动子信息对癌旁组织和癌旁组织进行聚类分析。两种基因表达或显著增强子均能很好地区分癌旁和肿瘤标本,而不同的H3K4me3峰则无明显区别(图一)。2E-G),提示增强子信息对肿瘤的鉴别是有用的。

图2:CRC变异增强子基因座的鉴定。
figure2

AH3K27ac信号的丢失和增益VELS在所有肿瘤和自然组织。B增益和丢失VELS所需的复发均有统计学意义(P<0.05)。在左侧的两条垂直虚线突出显示在达到显著比例的切断(0.95,黑色虚线)时增益和丢失Vels的复发,右侧的两条线分别突出显示肿瘤或自然增益组织和丢失VELS中复发最高的两条线。对于增益Vels,当复发达到14时,显着VELS的百分比为95.635%;对于丢失Vels,当复发达到19时,显着VELS的百分比为96.273。P.adj表示调整后的BH值。t-测试p-价值。这里使用了一个双面测试。C有代表性的H3K27ac增益Vel轨道IL20RA基因座。DGRAGVELS参与的人类疾病本体论(Version3.0.0)。红条代表CRC相关疾病,黑条代表其他疾病。EG用基因表达对肿瘤和自然组织进行分类的PCA分析(E),所有显著增强剂(F),以及发起人(G)使用患者的rna-seq和芯片-seq数据识别的信息。

CRC子群的增强子特征

为了进一步研究CRC各亚组的增强子特征,我们采用了一种常用的方法,即crc肿瘤的共识分子亚型(CMS)分类。35,并将患者分为四个亚组(图1)。3A和B,补充图。S4B-C)。基于已鉴定的Vels和亚类特异性Vels的相关分析表明,CMS 2组的组织相关性最高,而CMS 4的相关性最低(图4)。3C和D,补充图。S5),这意味着CMS 4可能比其他的异构性更强。有趣的是,在比较四个亚组中的促进剂时,我们发现CMS 2的活性增强子、显著增益Vels和比增益Vels的数量最多(图1)。3E-G,补充图。S6A)。CMS 2中增益VELS的平均H3K27ac信号也高于其他三个信号(图1)。3F)。而这四组个体间的增益Vels值以及H3K27ac在基因组中的相关性均无显着性差异(附图)。S6B-D)。上述研究表明,CMS 2基团比其他基团更具有同质性,并且具有更多的活性增强子,这可能是它的一个新的特征。

图3:CMS亚群增强子的特征。
figure3

A四个CMS子组成员的病人标识符。B用R包CMS呼叫机对CRC样本进行一致分子亚型(CMS)分类。CCMS1-4亚组肿瘤标本增益Vels区H3K27ac信号的相关性。用Spearman相关系数计算相关系数。D每个CMS亚组增益VELS所需的重现性以满足统计显着性(p.=‘class 5’>在不同的断线时<0.05).虚线突出了增益Vels在达到相当百分比的截断(0.9,黑色虚线)时的重现性。当复发达到切断时,CMS1=93.942%,CMS 2=93.615%,CMS 3=95.741%,CMS 4=93.548%。P.adj表示调整后的BH值。t-测试p-价值。这里使用了一个双面测试。E4个CMS亚组的亚组显著增益VELL数。F4个CMS亚组增益Vels区域的平均H3K27ac信号(RPM)。G每个CMS的亚组特异性增益VELL数。当一个CMS组中的一个Vel的平均RPM比其他三个组高1.5倍时,鉴定出其亚组特异性增益VELs。HCMS 2特异性增益VELL与基因本体(生物过程)和路径数据库(Reactome)中注释的基因集有很大的重叠,从而对目标基因进行功能注释。I归一化H3K27ac的元轨道赛尔DPEP 14个CMS亚组的基因位点。

然后,我们研究了Vel相关基因的功能,并在每个亚组中鉴定了特异激活的增强子和基因。显示了每一组的一些代表性增强子和基因(补充图)。S6E-L)。对于CMS 2,我们发现它的特异性增益-Vel相关基因主要参与WNT信号传递、细胞迁移和脂类代谢过程。3H,补充图。S6M)。预期激活Wnt信号和增强细胞迁移,因为APC是crc中最常见的突变基因之一,细胞迁移是癌细胞的一个特征。36,37。脂代谢与CRC有关,但不同人群的结果不明确。38,39,40。我们的分析表明,脂代谢平衡失调可能与某些CRC亚组有关。一些cms 2亚组的Vel及其相关基因,包括那些参与脂质代谢的,例如赛尔DPEP 1(无花果)3I,补充图。S7).

变异超增强子基因座的分析与验证

癌基因相关超促进剂的激活是肿瘤的重要特征之一。6。我们采用类似的方法来鉴定肿瘤组织中的变异型超增强子位点(Vsel),包括334个增益vsels和121个缺失vsels,其中有几个已知的致癌靶点,如:MYC, VEGFA,和利夫(无花果)4A,补充图。S8A和B,补充数据6&7)。H3K27ac水平对VSEL的增益有显着性提高,而在丢失VSEL上则如预期的那样降低(图1)。4B和C)。如预期的那样,与增益VSEL相关的基因表达高于与丢失VSELs相关的基因(补充图)。S8c)。我们利用VSELS上的H3K27ac值将CRC患者与正常肠组织聚为一组(补充图)。S8D和E)。该分析区分了本地和肿瘤组织,并将CRC患者分为三个亚组(补充图)。S8D和E)。结果表明,VSELs可能有助于CRC的分类。我们比较了这两种分类方法,发现大多数CMS2组样本都是基于VSELS(补充图)划分为G1亚组的。S8F),支持我们先前的结论,即CMS2组比其他组更同质。

图4:肿瘤特异性超级促进剂在大肠癌中的作用。
figure4

A与顶级超级促进剂(SE)相关的基因按复发排序。红点代表肿瘤特异性SE基因,蓝点代表天然组织特异性SE基因。前10位肿瘤和本地组织特异性基因被列出。BC增益VSELs区域的平均H3K27ac信号(RPM)B)和丢失的VSEL(C)在肿瘤和自然组织中。D亚标准化H3K27ac在IER 3基因位点上的轨迹。顶部的绿色轨迹代表HCT 116中的H3K27ac信号,底部的黑色和灰色线分别代表肿瘤和自然组织的平均信号。粉红色线指示dCas9-KRAB sgRNAs的靶位置。E显示相对mRNA水平的条形图利夫, SLC7A5, CYP2S1, PHF 19, RNF 43, CEBPB, TBC1D16, TNFRSF6B, VEGFA,IER 3对照组和sgRNA组(n=3)。以EGFP为靶点的sgRNA作为对照进行了实验研究。*p < 0.05. FTranswell法检测稳定转染增强子dCas9-KRABsgRNAs的HCT 116细胞株。5E (n=3)。GI用HCT 116稳定表达sgRNAs的细胞在裸鼠体内进行移植实验。这些肿瘤被描绘成(G),并显示其体积和重量(H&I)。n=9适用于所有群体。数据以平均值±扫描电镜表示。统计分析是用一名双面学生进行的。t测试一下。p值在相应的项目上标记。

为了验证已鉴定的VSELs的功能,我们将CRC组织的H3K27ac型与HCT 116细胞的VSEL进行了比较。选择hct 116中出现的增益vsels,利用dCas9-krab系统抑制增强子的活性。41。由于一个SE通常覆盖一个相对较大的染色质区域,我们为每个SE设计了多个sgRNAs,并在HCT 116、RKO或SW 620(三个CRC细胞系)中获得了稳定的细胞系(图)。4D,补充图。中9,补充数据8)。我们共分析了11株肿瘤细胞,其中10例在多个细胞系中发现了其近端基因的表达,其中包括:IER 3, 利夫, SLC7A5、CYP2S1、PHF 19、RNF 43、CEBPB、TBC1D16、TNFRSF6B、VEGFA(无花果)4A和E,补充图。中9)。对某些增强子来说,多个近亲基因的表达受到抑制(Sup)。无花果。中9)。我们还测定了一些基因座上的h3k27ac水平,发现dCas9-krab/sgRNA有效地抑制了h3k27ac对h3k27ac的增强子。CEBPE, CYP2S1, IER 3, PHF 19, RNF 43,TBC1D16(补充图。S10A)。并与其在CRC患者组织中的表达进行比较。S10B),我们的数据表明,上述SES对相应基因的表达有调节作用。此外,我们还建立了稳定的HCT 116抑制促进剂细胞系,并对其增殖和迁移能力进行了研究。细胞增殖和细胞周期差异不显著(附图)。S11A和B)然而,相当多的细胞系在多个细胞系中表现出较弱的迁移能力,包括PHF 19,LIF,SLC7A5,CYP2S1,RNF 43,VEGFA,TBC1D16(无花果)4F,补充图。S11C-F)。为了进一步研究上述基因在大肠癌中的作用,我们用稳定的HCT 116细胞进行了异种移植实验,结果表明PHF 19和TBC1D16 SES的抑制对肿瘤的生长有明显的抑制作用,并证实了靶基因在随机选择的肿瘤中的表达。4G-I,补充图。S11G-K)。当SLC7A5SE受到抑制时,肿瘤生长也有下降的趋势,但差异不显著(图5)。4G-I).

功能转录因子的预测与验证

为了探讨潜在转录因子(TFs)在CRC发病中的重要作用,利用HOMER软件对VELS的DNA序列进行了预测。得不偿失的名次被列出(图一)。5A和补充图。S12A和B)。提出了核心调节回路的假设,以识别细胞中的核心TFs。42,43。为了提高TF的预测能力,我们利用该方法对CRC组织中的关键TFs进行了识别(图1)。5B&C,补充图。S12C)。ASCL 2被预测为CRC特异性TF,得分最高(如图所示)。5C)。H3K27ACASCL 2增强剂在肿瘤中大大增加(补充图)。S12D),并提出了基于TCGA数据的基因表达分析方法。ASCL 2在结直肠癌中高表达(附图)。S12E)。这些表明ASCL 2是crc中的一个关键TF,这与以前的出版物是一致的。44,45,46。由于ASCL 2已经在CRC中有了特征,我们没有进一步研究它的作用。

图5:CRC功能转录因子的预测。
figure5

A荷马基序分析确定肿瘤增益区无核小体区(NFRs)内富集的DNA基序。B转录因子热图按预测的核心调节回路(CRC)的总程度(肿瘤-自然组织)排列。排在前30位的肿瘤和本土特异性TFs被列出。C散点图显示了在图5B中列出的特异性TFs的总程度(肿瘤-自然组织)和表达的FC(肿瘤/自然组织)。蓝点代表前30个肿瘤特异性TFs,红色点代表前30个本地特异性TFs。圆圈大小表示TFs在其特定组织中的平均表达(FPKM)。D, E流式细胞术检测HCT 116细胞株KLF 3击倒。用Westernblotting法测定KLF 3。p-值=1.06E−4(sgKLF3.1)和1.55E−4(sgKLF3.2)。n数据以平均值±扫描电镜表示。FH KLF 3以sgRNA稳定敲除HCT 116细胞于裸鼠体内(10^6细胞梨小鼠),n=10)。图为肿瘤(F)和肿瘤生长曲线(G)和重量(H)平均(±SEM)。P-sgKLF3.1和KLF3.2的G值分别为0.0261和0.0296H对于sgKLF3.1和KLF3.2,分别为0.0256和0.0355。统计分析是用一名双面学生进行的。t测试一下。*p < 0.05, **p < 0.01.

结合上述结果和已发表的文献,我们选取了大约10个TFs进行实验验证。不幸的是,某些基因在选定的细胞系中表达较低,或者基因敲除实验对某些基因无效。最终,我们只有4个基因被成功地敲除,包括KLF 3麦福克两部小说马兹RUNX 1,最近报告的两个信托基金在儿童权利委员会中运作,但没有很好的特征46,47,48,49。计算每个患者所选择的TFs的意义(补充图)。S12F)。在细胞增殖试验中,这些基因的敲除不影响细胞增殖;KLF 3,Maz,RUNX 1被siRNAs击倒,或KLF 3CRISPR/sgRNAs击倒细胞,抑制细胞迁移,但不能麦福克(无花果)5D和E,补充图。S13, S14A和B)。我们的结果确认KLF 3参与了CRC,并证实了RUNX 1和Maz的作用。在核心调节回路分析中发现MAFK位于自然组织的一侧(如图所示)。5B),我们的实验结果没有发现它在增殖或迁移中的作用,这表明麦福克虽然在DNA基序分析中预测到了它,但它并不参与CRC。进一步确认KLF 3,我们在hct 15和rko细胞中用crispr/sgRNAs将其打倒,并观察到类似的结果(补充图1)。S14C-F)。然后进行异种移植试验。KLF 3-HCT 116缺乏,结果表明:KLF 3击倒抑制小鼠肿瘤生长(图一)。5F-H).

讨论

CRC是世界上最常见的癌症之一。虽然早期筛查大大提高了治愈率,但仍需要开发新的分类方法和药物。本研究为大肠癌患者提供了H3K27ac和活性促进剂的综合图谱。早期的研究使用细胞株来确定crc特异性增强剂。33。我们的研究使用成对的病人组织,这提供了更可靠的数据,并确定了许多VELS和VSEL。此外,我们还在实验上证实了10多个SE在CRC中的作用。这些资料为儿童权利委员会的研究提供了重要资料。

我们的分析预测了许多在CRC中发挥作用的TFs,比如KLF 3。据报道,ASCL 2是大肠癌中的一个癌基因,我们的结果表明,ASCL 2在CRC组织中高表达,H3K27ac表达增加。我们的结果与已发表的研究结果一致。我们还在实验上证实了RUNX 1和Maz的作用,并确定KLF 3在大肠癌中是一种致癌TF。对这些TFs的进一步研究将为CRC的研究提供重要的信息。损失KLF 3以前被证明与更激进的crc有关50。然后我们分析了KLF 3在我们的数据和TCGA数据中。我们收集到的癌旁组织和癌组织之间没有明显差异,在TCGA标本中,KLF 3在肿瘤组织中的表达较高,但不够显著。然后比较4组癌旁组织和癌旁组织的表达情况。有趣的是,KLF 3在CMS 1组的癌组织中表达较低,在CMS 3组中的表达较高(补充图1)。S14I)。虽然我们的样本数在分成四组时有点小,但结果表明,KLF 3可能在这四组中扮演不同的角色。在每个CRC子群中确定KLF3s函数是很有趣的。

有趣的是,对已鉴定的VSELs和TFs的验证表明,大多数VSELs和TFs与细胞迁移有关,但与增殖关系较少。正常肠上皮细胞可能生长迅速,迁移相关基因表观标记的变化远大于增殖基因,这使得最具代表性的肠上皮细胞主要与迁移有关。其他可能的可能是,我们收集的CRC样本大多处于相对较晚的阶段(补充图)。S1a和补充数据1),肿瘤细胞可能处于转移期或已准备好。调节迁移的增强子和基因的差异可能比其他基因在成对组织间的差异更大,所选择的VSELs都是最显著的。

有趣的是,我们的研究表明SE抑制有时会导致多个近端基因的下调,而受影响的基因在不同的细胞系中可能会有所不同(补充图)。S9F,G和I)。这表明了SE转录调控的复杂性,表明一个SE是由多个TF结合位点组成的,可以被多个TFs结合,这可能决定了多个相关基因的转录。

人们认为,H3K27ac对致癌促进剂的增加是癌症的一个共同特征。21。我们的分析表明,只有CMS 2组具有增强活性的明显特征,而其他亚组获得的VELS活性要少得多。这表明,在CRC中,主动促进剂的全球增加是一个重要的特征,只是一个子群,而不是对所有的人。

脂代谢的动态平衡与结直肠癌有多年的联系,但其具体机制尚不清楚,而他汀类似物在CRC治疗中的应用失败。38。我们发现H3K27ac对脂质代谢相关基因的增强子有明显的增强作用。生物信息学分析还指出,CMS 2亚型的增益Vels中含有参与脂质代谢过程的基因。因此,脂类动态平衡失调可能仅与CMS2组有关,有待于今后的研究。


武汉新启迪生物科技有限公司联系邮箱:
service@qidibio.com  techsupport@qidibio.com  
武汉新启迪生物科技有限公司咨询客服:周一至周五8:30-17:30
联系我们
服务保障                        支付方式
武汉新启迪生物科技有限公司联系电话:
027-87610298
027-87610297