患者与肿瘤特征 对628例患者进行了胎次分析,1935例肿瘤进入分析。31%的肿瘤来自无胎患者,69%的肿瘤来自分娩患者;79%的肿瘤来自于产妇。 MED 12 突变(称为MED 12肿瘤);21%为野生型(WT)(称为WT肿瘤) MED 12 司机突变。共有595名参与1836个肿瘤的患者提供了所有背景变量的信息:子宫切除年龄、绝经状况(前、后和激素替代治疗)、激素避孕使用(从未/从未)和吸烟状况(从未/从未)。患者特征摘要见图。 1A 和补充表 1 ,肿瘤特征见图。 1B ,以及图中奇偶度与背景变量之间的关系。 1C .
图1:患者特征和肿瘤部位。 a 病人特征( N =628)。每个病人的肿瘤数目的分布,胎次,患者的年龄和更年期状况。中间用蓝色垂直线表示。 b 子宫肌瘤的壁内、浆液下和粘膜下部位( N =1451)。大部分肿瘤是壁内肿瘤,但是 MED 12 突变的肿瘤与浆液下的位置有关。 c 在左上角,子宫切除术的年龄按胎次分层。这个 y -轴是以年为单位的。方阵图显示中间四分位数以及第一和第三四分位数。误差条扩展到四分位数以上的1.5IQR。每组患者数分别为:胎次0=196,1=108,2=213,3=71,4=28,5=9,6=1,7=1。左下角,有吸烟史(是/否)的患者按胎次分层。在右上角,口服避孕药联合使用(从未/从未)的患者数量按胎次进行分层。右下角是绝经前、绝经后患者和激素替代治疗(HRT)患者的数量.提供了源数据。
UL染色体的得失与胎次的关系 我们利用芬兰肌瘤研究中建立的基于单核苷酸多态(Snp)阵列的等位基因不平衡(AI)数据,研究了基因突变与DNA损伤的关系。 19 。图中给出了一个由SNP阵列确定AI的实例. 2A 和不同程度的DNA损伤在WGS数据图中的例子。 2B 。断点的平均数目、损失区域的总长度、增益区域的总长度和总合并长度的平均值如图所示。 2C 和补充表 2 。结果由胎次(无胎和分娩)以及肿瘤亚型( MED 12 突变体和WT)。我们发现,当将分娩患者的肿瘤与无生育患者的肿瘤进行比较时,断点数的平均值以及拷贝数改变的总长度都在增加。例如,胎儿肿瘤的躯体损失总长度高于无孕产肿瘤:MED 12肿瘤和WT肿瘤的平均长度分别高62%和47%。
图2:肿瘤特征概述。 a SNP阵列数据中的等位基因不平衡(AI)片段。从自上而下的例子,染色体1B-等位基因频率(BAF),镜像BAF(MBAF)和LogR比率(LRR)。底部,一个解释段的示意图:黑色的水平线代表AI段。蓝色水平线表示LRR阈值−0.15。蓝点代表计算出的断点:I.当AI片段位于染色体末端时,只计算出一个断点。如果相邻拷贝数段之间的LRR差值小于0.1,则这些段被认为是连续的,并且仅被计算为两个断点。当片段不在染色体末端,相邻片段间的LRR差值>0.1时,计算出两个断点。 b ULS的典型等位基因失衡模式。复杂染色体重排(CCR)模式在不同ULS中的代表性例子。只有受等位基因不平衡变化影响的染色体:顶部:大多数断点数高的肿瘤来自已知的野生型肿瘤(Wt)。 MED 12 突变。Chr 12之间的易位( HMGA 2 )和chr 14( RAD51B )是很常见的。中期:MED 12肿瘤的染色体重排通常较为中度。底部:全染色体丢失主要发生在分娩患者的WT肿瘤中。蓝线:删除,绿线:插入,紫色线:反转,红线:重复,黑线:移位,蓝色框:LOH/丢失,红色框:增益。 c 本文给出了产妇肿瘤的平均断点数、丢失区的总长度、增益区的总长度以及丢失区和增益区的合并长度。对所有1935个肿瘤(紫色)和分别给出了结果。 MED 12 (鲑鱼)和WT(绿松石)肿瘤。给出了平均95%的自举置信区间。在所有的比较中,肿瘤基因组AI区的平均长度在分娩组高于无产妇组。提供了源数据。
统计数据列于表中。 1 以及补充图中的完整模型。 1 –3 。简而言之,损失和收益区域的总长度与平价显著相关( P < 0.001, rate ratio (RR) = 1.32, 95% CI: 1.15–1.52, Bonferroni adjusted). The association remained significant within the MED12 tumors (P RR=1.39 95%CI:1.05~1.84)。
40个肿瘤至少有一个完整的染色体丢失。在这些肿瘤中,只有两个(5%)是 MED 12 变异了。在19例肿瘤中,最常见的缺失是22例,其次是13例和14例。WT肿瘤整体染色体丢失与胎次呈显著正相关( P 比值比(OR)=1.64,95%CI:1.13-2.36)。见附图。 4 全模特的。在无生育的患者中,只有一个肿瘤显示整个染色体丢失(如图所示)。 3B ).
图3:复杂染色体重排(CCRs)综述。 a 所有1935年肿瘤的CCR状态摘要(紫色),按病人的胎次分层。类似地,CCR状态在 MED 12 突变肿瘤(鲑鱼)和WT肿瘤(绿松石)。 b 全染色体丢失与产次的关系。 c ,CCR肿瘤中的断点数,由零生子分层( n =45个肿瘤)和分娩病人( n =134例肿瘤。橙色点描绘 MED 12 突变的肿瘤,绿色的WT肿瘤。值得注意的是,所有具有高断点数的ULS都来自于分娩患者的WT肿瘤。平均断点数为13.0(95%CI:10.93~15.79)和18.17(14.74~22.14)。 d ,给出了平均断点数、损失区域的总长度、增益区域的总长度以及损失和增益区域的合并长度。 MED 12 CCR肿瘤( n =52) n =36)和无生育的病人( n =16)。给出了平均95%的自举置信区间。 e 本文给出了WT-CCR肿瘤的平均断点数、损失区的总长度、增益区的总长度以及损耗区和增益区的合并长度(n=127)。 n =98)及无生育病人( n =29)。给出了平均95%的自举置信区间。提供了源数据。
鉴定复杂染色体重排 在38个全基因组测序(WGS)ULS中的CCR事件是现成的。 17 。我们研究了有无CCR的WGS样本中的DSB数以及各自的SNP阵列数据,并将CCR准则外推到所有SNP阵列样本中。SNP阵列分析发现179例肿瘤(占1935的9.3%)与CCR相一致.平均断点数和拷贝数损失和收益的总长度在补充表中报告。 2 无论是CCR肿瘤还是无CCR的肿瘤,均以胎次和亚型分离。 MED 12 突变阳性肿瘤在ccr肿瘤中的比例较低(179例中占29.0%),这与我们之前的研究结果一致。 17 .
用长读WGS对43例肿瘤进行了基于SNP阵列的预测CCRs的验证.3个肿瘤(7%)未显示相互关联的重排,40例(93%)显示至少一个CCR事件(补充图)。 5 和补充表 3 )。三种有CCR的肿瘤和不同的染色体损伤模式如图所示。 2B .
UL中的CCR与奇偶校验相关联 胎次与CCR事件显著相关(图1)。 3A , P < 0.001, OR = 1.29, 95% CI: 1.09–1.52). The association remained significant within the MED12 tumors (Fig. 3A , P =0.006,OR=1.47,95%CI:1.07~2.0)。混杂变量--年龄、吸烟状况、更年期状态和口服激素避孕药的使用--与CCR无关。见附图。 6 –8 完整的模型描述。在179例受CCR影响的肿瘤中,分娩组肿瘤的断点数大于无产妇组:16例断点超过28点的肿瘤均来自分娩患者(图1)。 3C )。CCR肿瘤的AI总长度如图所示。 3D,e .
肿瘤部位对等位基因失衡的影响 关于1451个肿瘤的肿瘤位置和大小的信息。1142例MED 12肿瘤中,壁内肿瘤占76%,浆膜下肿瘤占15%,粘膜下肿瘤占9%。309例WT肿瘤中,壁内肿瘤占87%,浆膜下肿瘤占6%,粘膜下肿瘤占7%。 1B )。在MED 12肿瘤中,与壁内肿瘤相比,浆膜下肿瘤的染色体丢失区域长度较短( P =0.001,RR=0.28,95%CI=0.11-0.72,补充图。 9 和补充表 4 )。肿瘤大小与AI长度无关。
机械力诱导肌层细胞DNA损伤 利用患者源性子宫肌瘤的原代细胞培养和相应的正常子宫肌层,研究了机械拉伸对子宫肌瘤的影响。将26%伸长率的静态拉伸作用于柔性膜上培养24~48h,有无恢复期。 4A )。释放拉伸后,光镜初步评价显示非拉伸对照细胞呈现典型的拉长形态,而拉伸细胞则呈现较小、较圆的形态。固定和免疫荧光染色后,用高含量共聚焦显微镜对细胞进行硅分析。这些细胞的有代表性的视野如图所示。 4B 。在每次染色的图像分析中,平均识别出483个细胞核(中位282个核;每染色183-571个四分位数范围;图)。 4C 详见附图。 10 和补充表 5 ).
图4:将子宫肌瘤和子宫肌细胞置于机械拉伸下,引起DNA损伤和非同源端连接(NHEJ)介导的修复。 a 实验原理图概述。HR同源重组 b 每个实验条件下细胞的代表性视野(拉伸和非拉伸控制在24小时拉伸+24小时恢复时间点)。在更高的放大率下,Inset显示单个核。c 在硅图像分析中量化的原子核数目。在每个实验条件下,平均原子核数。在底部,每个成像场的平均原子核数(柱状图是平均值,圆点是每个实验的平均值)。未经调整的双面Mann-Whitney U 试验 P -在控件之间显示的值( n =15) n =20)。蓝色:24小时拉伸,不恢复;橙色:24小时,恢复6小时;绿色:24小时,恢复24小时;红色:48小时,未恢复。24+24 h和48 h时间点相同的对照(孵化红条)。 d DNA损伤(γH2AX阳性核)和, e NHEJ修复(γH2AX+53BP 1阳性核)在拉伸和非拉伸对照细胞中定量。 d , e 数据表示为正核(顶杆图)的比例(%),以及拉伸和非拉伸控制单元之间的核正性(底部条图)的折叠式变化;误差条显示每个折叠变化值的自举95%置信区间。优势比(OR)和折叠变化(FC)值>1表明拉伸可引起DNA损伤/修复。未经调整的,双面的 P -Logistic回归(顶部)或Fisher精确检验(底部)的数值表示为:* P < 0.0001, **P < 0.001, *P < 0.05, not significant (NS) P ≥0.05。样本大小( n )显示每个显着性检验。见补充表格 6 –7 适用于多次测试调整 P -价值观。源数据作为源数据文件提供。
用γH2AX阳性核(>10γH2AX病灶)与非拉伸对照细胞比较,评价DSBs在拉伸细胞中的损伤程度。以电离辐射(IR)为阳性对照的子宫肌细胞和平滑肌瘤细胞的γH2AX阳性核数均预期增加(OR=33.1和OR=11.9;两者均为阳性对照)。 P < 0.0001; Supplementary Fig. 11 )。拉伸使平滑肌瘤和肌层细胞中的γH2Ax阳性细胞核增加幅度较小,但非常显著(OR=1.6和 P < 0.0001; Fig. 4D 和补充图。 12 )。这种反应取决于治疗时间;平滑肌瘤细胞在拉伸24h后第一次检测到明显的DNA损伤,呈双相模式,而肌层细胞则在随后的两个时间点出现明显的dna损伤(补充表)。 7 )。DNA损伤的增加与DNA修复的增加是一致的(图一)。 4E )。非同源端连接(Nhej)是γh2ax(>10个病灶)和53bp(>5个病灶)双重阳性的细胞核,是肌层(OR=1.5)和平滑肌瘤(OR=2.0;两者)的主要修复机制。 P < 0.0001; Fig. 4E 和补充图。 13 )细胞。RAD 51(>5个病灶)和cyclinA 2(细胞周期S/G)双阳性核 2 ),表明同源重组(HR),是罕见的IR(补充图)。 11 )和拉伸实验(补充图。 14 ,补充图。 15 ),实验条件间无统计学差异。加在一起,机械拉伸导致DNA损伤和NHEJ修复(补充表) 6 ).
肌层和UL细胞在拉伸后细胞密度下降。 P < 0.05; Fig. 4C )。这并不是由于细胞凋亡(以Caspase-3的阳性裂解来衡量),而细胞凋亡主要表现为减少,这可能是由于拉伸所产生的额外空间(补充图1)。 16 )。拉伸对细胞衰老无总体影响(P14ARF)(附图)。 17 ),可减少增殖细胞(细胞核Ki 67病灶)的数量(补充图)。 15 和 18 )。对细胞周期素A2阳性核数,即S期细胞数无一致影响(附图)。 15 和 19 )。值得注意的是,即使在拉伸48h后,仍有相当比例的存活细胞(25-37%)仍在增殖。有关CyclinA 2、Ki 67、cCasp3和p14ARF的数据汇总在补充表中。 8 。分段核成像数据显示,拉伸后核团圆度高于<10γH2AX病灶(P<0.0 5)。 P < 0.0001; Supplementary Fig. 20 核区γH2AX阳性拉伸细胞略有增加。
分娩与子宫平滑肌肉瘤风险无关 对399例Ulms患者和1657例配对对照的人群分析显示,两者之间无统计学意义(OR=1.03;95%CI 0.96~1.11; P 在奇偶和Ulms之间=0.38)。