质粒图谱分析法&染色质DNA酶切图谱分析法
质粒在细菌中普遍存在，它位于细胞质中，系染色体外的遗传物质，由双螺旋环状DNA分子组成，可以忠实地自我复制，携带的外源基因可以赋予宿主细菌以新的表型，质粒在细菌间可以转移，并分布到子代细菌细胞中。因为来自同一祖先菌株的子代细菌，都含有同一数目，同一分子量的质粒，所以通过对质粒图谱的检测，可以鉴定被测细菌的种类。即将提取的质粒在琼脂糖凝胶上电泳后，根据其分子量的大小，分别排列开来，便呈现出有价值的特殊图型，即所谓的质粒图谱(plasmid profiles)。
但是具有相同分子量的质粒，可能具有极不相同的核苷酸排列序列，依此，可应用限制性内切酶进行酶切实验，以进一步证实分子量相似的质粒是否为同一质粒。即将被酶酶切的质粒片段进行电泳，根据酶切片段分子量的大小，便可在琼脂糖凝胶电泳板上排列成特殊的酶切图型，通过对图型的分析，就可确切地对被测细菌作出鉴定。
细菌核质是由一条环形的染色体组成，不含蛋白质或组蛋白，其本质是一条裸露的双股DNA，其上的基因与真核细胞不同，是连续的，无内含子，转录后形成的mRNA，不必再剪切、拼接，便可直接译成多肽。
细菌染色质DNA与质粒DNA一样，亦可用限制性内切酶消化，得到的DNA片段，用琼脂糖凝胶电泳进行分离，每个基因组形成的电泳图谱也是特异的，此即所谓的REA(restriction endonuclease analysis，限制性核酸内切酶分析)图谱技术，但获得的图谱随使用的内切酶种类不同，可以得到不同的电泳图谱，为便于肉眼观察，可应用出现片段大，图谱条带少的酶进行酶切为好，然后再用标记的基因探针做检测。
REA图谱技术可用以鉴别细菌种，甚至同种细菌不同的株，如果一个属或一个种内的所有成员都有相同的REA图谱，它就不能对细菌做鉴定了。
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