包括在地图集中的40名患者中，有36人有随访临床数据(见补充数据中的备注)。2和补充图。4B)。36例患者中19例在治疗后365天以上复发，其中9例(47.4%)复发(DFS<1年，简称复发组)，10例无复发(DFS>1年，最长660天，称为非复发组)。然而，预计后一组人将是长期幸存者和其他可能在2至5年内再次出现的幸存者的混合体。在发现分析中，我们排除了3名没有接受任何辅助化疗的患者，剩下16名患者(6例复发，10例非复发)在最初的训练组中。然后，我们使用一个多因素广义线性模型，以确定显着的差异染色质可达事件之间的复发和非经常性组，同时控制的影响，核读深度和边缘状态。在这方面，在所有atac-seq库中，核读取深度与线粒体读取深度呈负相关，在分析中不需要考虑两者(Spearmanρ=−0.273，95%CI−0.439至−0.088，P=0.0044，n=108)。我们发现1092个峰是可差异访问的(绝对日志)。2折叠变化>1和FDR调整P < 0.001) between recurrent and non-recurrent patients (Fig. 1A，补充数据3)。我们采用Cox回归来评估年龄、性别和细胞因素对DFS的影响。我们绘制了Kaplan-Meier曲线(附图)。5A对数秩P < 0.0001, HR 0.1579, 95% CI of HR 0.02877 to 0.8665, median DFS recurrent 236.5 and non-recurrent 927.5 days) with a median 4.15 (min = 3.18, max= 4.75) years of follow-up on the discovery set patients (n=16)，并根据年龄、性别和细胞密度进行调整(克拉斯变异等位基因频率12,13。的变异等位基因频率克拉斯和TP 53或水平埃帕姆和KRT 196例复发性和10例非复发性患者的基因表达差异有显着性(附图)。5B，c)，证实上皮细胞对我们的差异可达的1092染色质峰信号的发现没有混淆作用。
为了简化染色质可达性特征的评估，使之达到临床实用的程度，我们开发了一种微阵列方法，我们称之为“Atac阵列“，将来自不同染色质可达性特征的可访问区域排列在玻璃幻灯片上，然后与荧光标记的ATAC文库杂交。在开发这项技术时，我们推断，由于ATAC库只包含可访问区域(与整个基因组库不同)，将这些ATAC库与ATAC阵列探针杂交将提供与每个库中所表示的信息可访问区域相对丰富程度相对应的特定信号强度(在方法部分和图的示意图中解释)。3)。我们比较了5227个Agilent探针覆盖的1092个区域中932个区域的ATAC阵列结果(标准化杂交强度)和atac-seq(规范化读取计数)，发现这两种技术在每个患者中有显著的相关性(n=36，Spearmanρmin=0.5，中位数=0.65，max=0.77)，如图所示。4A典型患者PT 17(Spearmanρ=0.6615，95%CI 0.6226~0.6971)P < 0.0001, number of pairs 931).
根据ATAC-阵列预后评分，DFS的3.2倍差异进一步增加到7.4倍，当ATAC-阵列评分与免疫组织化学hNF1B核定位相结合作为附加的生物标记物时(补充数据)。7还有无花果。4D，对数级(Mantel-Cox)检验P < 0.0001, Gehan–Breslow–Wilcoxon test P=0.0004和趋势的对数秩检验P < 0.0001). We found that 38.4% of patients (15/39) displayed an ATAC-array good prognosis signature (Prognosis Score higher than the median) in combination with HNF1b localized to nuclei, with median DFS 1343 days; 12.8% (5/39) displayed an ATAC-array good prognosis signature but no nuclear localization of HNF1b, with median DFS 940 days; 28.2% (11/39) showed an ATAC-array poor prognosis signature (Prognosis Score lower than the median) but positive nuclear localization of HNF1b, with median DFS 559 days; and the remaining 20.5% (8/39) showed an ATAC-array poor prognosis signature and no nuclear localization of HNF1b, with median DFS 183 days. Thus, two simple prognostic methodologies (ATAC-array and immunohistochemical determination of HNF1b nuclear positivity), both derived from our ATAC-seq analysis of chromatin accessibility signatures in resected pancreatic cancer, combine to stratify patients into prognostic groups with more than 7-fold differences in DFS.
