细胞株
从N-丁基-N-(4-羟基丁基)亚硝胺(BBN)致癌物诱导的C57BL/6雌性小鼠膀胱肿瘤中分离培养NA13细胞。21。E 0771是科罗拉多大学Traci Lyons博士的礼物。用5%胎牛血清(FBS)在RPMI中维持E 0771。B16F10是通过科罗拉多大学组织培养核心从美国类型培养集(ATCC)中获得的,在DMEM培养基中用10%的FBS进行维护。所有菌株均经鉴定和检测为无支原体。所有谱线都是在37°C的加湿大气中生长的(5%CO)。2).
qPCR
细胞匀浆采用QIAshredder(前胶原),然后用带有gDNA清除器的RNeasePlus Mini试剂盒提取RNA。利用iScript逆转录超混合(Bio-Rad)技术合成cDNA.然后进行qPCR(Quant Studio 6 Flex实时PCR系统,应用生物系统,美国),使用IQ SYBR Green SuperMix(Bio-Rad)78。采用以下引物对:小鼠CCL 2:正向5‘AGTAGCTGGAGCTACAA 3’;反向5‘GTCTGCTGCCCATTCCTTC 3’和小鼠PD-L1:前5‘TCTATCCTTTTTCCTCATT 3’反向5‘TCCATCTAGC ATTCTCACTTG 3’。用qrt-pcr法检测mrna表达的变化,用ΔΔ法检测mrna的表达。Ct方法采用。表达为内控型β-肌动蛋白。
免疫印迹分析
采用含有蛋白酶和磷酸酶抑制剂(ROCHE)的RIPA缓冲液(Sigma,USA)从NA13、B16F10和E 0771细胞株中提取总蛋白进行westernblot分析。总蛋白定量后,用4-20%的最小蛋白分离出等量的蛋白质。®TGX™蛋白凝胶(BioRad)转移到PVDF膜上。用抗PD-L1(MAB 90781,R&D系统,美国)或抗β-actin(13E5,细胞信号传导,美国)单克隆抗体在1:1000稀释于5%脱脂乳阻塞缓冲液中进行检测。根据制造商的指示,使用iBright成像系统对水垢进行成像(美国热费舍尔科学公司)。
免疫组织化学分析
用兔抗小鼠抗体(D5V3B,CellSignalTechnology,USA)稀释1:100,对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)NA13肿瘤的5m厚切片进行免疫组织化学染色。用10 mm枸橼酸盐缓冲液加热,按标准程序进行抗原提取。在PBS中,内源过氧化物酶(过氧化物酶阻断剂,DAKO)活性被中和,然后用山羊血清1:100阻断非特异性结合。组织切片与原抗体孵育。用抗兔HQ二次抗体和抗HQHRP连接抗体孵育玻片(美国文塔纳医疗系统)。最后,用DiscoveryChromoMapDAB试剂孵育玻片。切片用苏木精染色,乙醇脱水,固定。使用奥林巴斯DP 26数码相机,在×20放大的奥林巴斯BX 43光显微镜上拍摄了幻灯片。
重组干扰素γ(rIFNγ)预处理肿瘤细胞
研究小鼠肿瘤细胞对rIFNγ(R&D系统)的反应,在6孔组织培养板中用rIFNγ(50和250单位)孵育48h后,用APC抗小鼠H-2DB和APC小鼠IgG2a-K同工型对照抗体(Biolegend)进行流式细胞术(FACS)分析mHCⅠ类抗原的表达。
体内研究
雌性C57BL/6小鼠(CharlesRiver)在6周龄时,在恒温、恒湿的无菌微型隔离笼中驯化至少一周。老鼠可以免费获得食物和水。小鼠被安置在无病原体的特定条件下,并按照美国国立卫生研究院的指导原则进行护理,所有程序都由科罗拉多大学丹佛动物护理和使用委员会批准,并按照批准的协议执行。
NA13小鼠注射1×10。6100 L无菌PBS细胞在后侧皮下。E 0771乳腺肿瘤模型小鼠注射5×10。4第三胸廓脂肪垫中的细胞。在B16F10诱导的肺转移模型中,小鼠静脉注射2×10。5B16F10细胞在100 L无菌PBS中的表达。每周对小鼠进行两次检查。肿瘤测量从肿瘤第一次触诊开始。用电子卡尺测量肿瘤的长度和宽度,计算出:L × W2)/2,其中L是肿瘤最大直径的测量W是较短的垂直肿瘤测量。从每只荷瘤小鼠的不同样本中进行测量。动物被随机分为治疗组,确保组间肿瘤平均体积相似,并通过耳部穿孔来称重和鉴别。
小鼠抗PD-1抗体(IgG 1-D265A)和同型对照(IgG 1,克隆4F7)由布里斯托尔-迈尔斯·斯基布实验室(Redwood City,CA)制备,在PBS中配制,腹腔注射50μg/鼠(NA 13,E0771)或100μg/鼠(B16F10),共3剂。CCR 2小分子抑制剂RS 504393,每日2mg/kg灌胃给B16F10小鼠,腹腔注射E 0771和NA13小鼠。
流式细胞术
B16F10小鼠在注射肿瘤细胞4周后被安乐死。提取肺组织,量化可见转移灶的数量,对肺进行处理和分析。79。E 0771肿瘤在没有巯基乙醇或L-谷氨酰胺的情况下在Click‘s培养基中机械分离。细胞在37℃下消化1h,用500单位/ml胶原酶Ⅱ型和Ⅳ型胶原酶和20μg/mlDNase(Worthington生化)。消化后的组织悬液通过100μm过滤器过滤。滤过的细胞被仔细地分层在一个离心管中,其中含有5ml的Lympholyte-M(CedarLane)。细胞在1500×离心条件下离心。g20 min后,仔细去除界面淋巴细胞层。染色前冲洗细胞。CD8 T细胞组:CD8 APC/Cy7(克隆53-6.7)(1:400)、CD3 FITC(克隆17A2)(1:300)、CD45BV510(克隆30-F11)(1:300)、CD 44 BV421(克隆IM7)(1:400)、PD-1 PE(克隆29F.1A12)(1:200)、LAG3PerCP-Cy5.5(克隆C9B7W)(1:100)和Tigit APC(Clone1G9)(1:100)。CD8T细胞在活细胞上有门控,CD3。+/CD8+双阳性细胞。然后根据Pd-1和延迟-3的表达对细胞进行进一步分类。巨噬细胞组:CD 45 BV 510、F4/80 APC/Cy7(1:100)、CD11b BV 421(M1/70)(1:600)、CD 64 PerCP-Cy5.5(克隆x54-5/7.1)(1:200)、MERTK FITC(克隆2B10C42)(1:100)、PD-L1 PE(克隆10F.9G2)(1:200)和Ly-6G APC/Cy7(克隆1A8)(1:100)。活细胞为CD 45+细胞。中性粒细胞通过Ly-6G的表达进行门控嗨/CD11b+,不包括在进一步的分析中。巨噬细胞门控为F4/80+/CD11b嗨人口和MERTK嗨/CD 64嗨人口。单核细胞被证实为F4/80。罗氏/CD11b+和MERTK罗氏/CD 64罗氏79,80,81,82。四聚体组为CD8 APC/Cy7、CD 35 BV 410、CD44BV421、LAG 3 PerCP Cy5.5、Pd-1 APC(克隆29F.1A12)(1:100)、CD4 FITC(克隆GK1.5)(1:200)和MHC-I-SIINFEKL四聚体PE(NIH)(1:200)。活CD8+细胞门控CD 44嗨/四聚体+。进一步分析Pd-1和延迟-3的表达情况.基于MERTK的IMS被识别嗨CD 64嗨CD11b嗨,并细分为三种肺IM亚型:IM1(CD11c)。罗氏CD 206+MHCII罗氏),IM2(CD11c)罗氏CD 206+MHCII嗨)和IM3(CD11c)嗨CD 206罗氏MHCII嗨)。所有使用的流式细胞仪抗体都是从Biolegend购买的,除非另有说明。所有样本均用CyanADP流式细胞仪进行检测,并采用高峰软件(BD生物科学)采集,用Flowjo软件(TreeStar)进行分析。流式细胞仪的数据取自不同的样本,而不是相同的重复测量的样本。
细胞内细胞因子染色
从组织中分离细胞,在RPMI+2.5%FBS中,分别与12-肉豆蔻酸-13-乙酸佛波酯(PMA)(20 ng/ml)(Sigma,St.Louis,MO)加离子霉素(1μg/ml)(Sigma,St.Louis,MO)在37°C下作用4~6h,在RPMI+2.5%FBS中加入2μg/ml的brefeldin A(Adipogen,San Diego,CO)。细胞用CD8 APC/Cy7、CD45BV510、CD44BV421和CD4 PerCP-Cy5.5(克隆GK1.5)染色(1:400)。细胞在37℃下孵育30 min。培养后,洗净细胞,用1%多聚甲醛和4%蔗糖固定10 min。细胞经BD-PermWash(BD生物科学)渗透,细胞因子IFNγ、APC/Cy7(XMG 1.2)染色(1:200)。细胞在4℃黑暗中孵育一夜,然后用PERM洗涤,再悬浮于FACS缓冲液(0.5%牛血清白蛋白和0.1%叠氮钠)中。
FoxP 3染色:CD8 APC/Cy7、CD45BV510、CD4 perCP-Cy5.5、B 220 FITC(克隆RA3-6b2)(1:300)、CD 25 APC(克隆3C7)(1:200)和PD-1 BV 421(克隆29 F.1A12)(1:100)。37°C抗体孵育细胞30 min。用FoxP 3转录因子染色缓冲液组(eBioscience;00-5523)在4°C条件下固定和渗透30 min。细胞用FoxP3PE(MF-14)(1:200)染色,4°C在黑暗中过夜。+,然后是CD4。+/CD8−人口。活化CD4 T细胞作为CD 25的进一步分类+/FoxP 3−调节CD4 T细胞作为FoxP 3+.
肿瘤表达分析(RNAseq)
利用Novogene进行文库的制备和测序。21。测序在Illumina平台上进行,末端为150 bp,每个样本读取2000万条。
转录本量化用RSEM(v1.2.31)83默认参数和Bowtie 2(v2.1.0)作为读取对齐器84。利用Ensembl r91基因的注解,将READS直接映射到小鼠的转录本上,并在基因水平上进行总结,构建GRCm38.p5基因。按预期计数对基因进行量化。用VOM函数在角膜缘R包中进行差异表达85。去除平均期望计数<5的基因,计算归一化因子,用缺省参数的VOOM函数对各组间进行比较。
蛋白细胞因子阵列
分离肿瘤,液氮冷冻闪光。组织匀浆在含有完全迷你蛋白酶抑制剂鸡尾酒(MilliporeSigma)的PBS中。均匀化后,加入TritonX-100,终浓度为1%,然后在-80°C下冷冻过夜。样品在冰上解冻,离心10,000×g培养5 min,取上清液。采用BCA蛋白测定法测定溶出蛋白浓度(Pierce,Thermo Science)。纯化的蛋白质裂解物按照制造商的指示(研发系统,ARY 006目录)应用于蛋白质组剖面仪、小鼠细胞因子阵列试剂盒、A板。用BioradChemidocMP成像系统测定化学发光反应。
基因表达分析
膀胱癌生物标志物评价工具的初步分析(BC-BET)39评价CCL 2表达与膀胱癌特征的关系。12个病人组(n=1257)BC-BET然后下载39。简单地说,处理过的数据是从基因表达式Omnibus下载的。86(8月1日队列:加入#GSE 3167)87;AUH-2:GSE 547988;CNUH,GSE 1350733;DFCI:GSE 3168489林德格伦:GSE 1991590林德格伦-2:GSE 3254891;MDA-1:GSE 48276和MDA-2:GSE 4807592;UVA:GSE 3731793,来自阵列快车94,(Stransky-1和Stransky-2:e-TABM-147)95或者作为Blaveri的补充材料96和MSKCC34。从微阵列平台注释中鉴定出靶基因探针。当一个基因的多个探针可用时,使用平均表达量最高的探针。97。基于样本间的欧氏距离,采用完全连锁的层次聚类方法。将16个探针的表达归一化为平均值为0,标准差为1,求得DDR 2聚类评分,然后求出每个样本的所有标记探针的平均值。