GBM患者组织学中性粒细胞定量研究
通过自然语言搜索Cerner,死者名单(n=132)世卫组织2009年至2015年在宾州好时医疗中心进行的肿瘤切除4级诊断为多形性胶质母细胞瘤。在进一步分析之前,病人的死亡是由档案上的电子病历和/或现有的公共记录确认的。在这些病人中,只有那些在病理报告中指定为“显著”或“广泛”坏死的病人,才包括在本项研究中(n=45)。病理切片和石蜡包埋块的GBM肿瘤上证实死亡的病人收集了中性粒细胞定量。为捕捉肿瘤内异质性,采用奥林巴斯CX 41显微镜PLCN 40x物镜,获取H&E染色肿瘤片上最大感兴趣区(肿瘤浸润区、界面区和坏死区)的多个明亮视野图像。肿瘤浸润区是指活的肿瘤细胞浸润正常脑实质的区域。坏死区被定义为没有活细胞。界面区是指肿瘤浸润区与邻近坏死区之间插入的区域。在每一张幻灯片上,最大的感兴趣区域被用于图像采集。在高功率(40倍)下,从其他各个领域拍摄图像,以评估每个感兴趣的区域。中性粒细胞计数由一名受过训练的研究人员在病理学家的直接监督下在所有获得的图像上进行。对于研究人员和病理学家之间中性粒细胞计数不一致的图像,用高级病理学家以盲目的方式获得的计数进行分析。利用抗人CD66b(下文进一步描述的方法)的显色免疫检测,对3名随机选择的患者进行了中性粒细胞计数的验证。用于生存分析。8g),这一组的所有患者都包括在内(n=45)。从病理诊断之日起至死亡日期计算存活时间。将患者分为两组,从诊断的H&E染色切片中分离出坏死区的中性粒细胞计数/高功率场(如图1所示)。8C,e)。中性粒细胞增高组由绝对中性粒细胞计数/视野高于中位数(包括中位数)的患者组成;n而中性粒细胞低水平组由绝对中性粒细胞计数/视野低于中位数的病人组成(n=22)。只有现有的数据是通过审查电子病历(EMR)获得的,因此本研究没有进一步的数据收集或受试者招募。组织标本和从这一减少的队列收集的数据在图中使用。8C-e。研究程序和数据收集得到宾州机构审查委员会(IRB)的批准,并被认为是非人类主题研究。
增强后T1 MRI对GBM坏死的X线容积分析
研究对象来自宾夕法尼亚州好时神经肿瘤诊所2018年12月至2019年3月间的一组患者(包括从外部设施诊断和转诊的患者以及在此确诊的患者),只有经组织学证实为4级恶性胶质瘤的患者才被纳入这项研究(n=75)。回顾性分析75例经病理证实的GBMs患者术前、术后轴位T1加权脂肪饱和(T1 FS)MRI图像,层厚5mm。在注射0.1mmol/kg钆后,采用1.5T或3.0T磁铁(SiemensHealthcare),通过标准的多对比序列(包括饱和脂肪饱和TSE序列)获得MRI图像。用Philips PACS(IntelliSpacePACSEnterprise4.4)对全肿瘤和中央坏死区域进行人工追踪和测量,由一名经过训练的研究人员在一名致盲神经放射学家的监督下进行。中央坏死定义为增强肿瘤内无强化区,增强后T1加权像内边缘不规则。术前外周血中性粒细胞计数从回顾性电子病历中获得.用于生存分析。8F),包括所有已去世的病人(n=37)。从病理诊断之日起至死亡日期计算存活时间。将患者分为两组,分别采用中位X线片所确定的坏死与肿瘤体积比值。这个N/T高比例组由坏死与肿瘤患者组成。N/T)体积比高于中位数(n=18);N/T比率低组由病人组成N/T比率低于或包括中位数(n=19)。仅通过电子病历(EMR)和影像学研究(MRI)获得现有的数据,因此本研究没有进一步的数据收集或受试者招募。这项研究程序和数据收集得到了宾夕法尼亚州好时医疗中心的机构审查委员会(IRB)的批准。根据宾州的IRB,人类的主题研究如图所示。8B和补充图。8B-d在这份手稿中免除了知情同意的要求。
小鼠和原位异种移植瘤模型
采用6~8周龄雌性无胸腺裸鼠(Nu(NCR)-Foxn1nu株编码:490,Charles River)建立GBM异种移植小鼠模型。在肿瘤发生实验中,首次将表达萤火虫荧光素酶的逆转录病毒载体导入人GBM细胞。然后用逆转录病毒或慢病毒载体转导这些细胞,表达所指示的shRNAs或互补DNA(CDNAs)。每只老鼠3×105细胞在(+1,+2,-3)处注入右半球。用生物发光法监测脑肿瘤生长。简单地说,用异氟醚麻醉小鼠。将1.875 mg荧光素溶解在125μ1的磷酸盐缓冲液中,15 mg/ml腹腔注射于小鼠体内。10分钟后,将小鼠置于活体成像系统(IVIS)成像室(Xenogen,Alameda,CA),以灵敏度最高的摄像机拍摄1 min。用LivingImage软件(Xengen)对脑区发射的光子进行定量。荧光素酶活性以每秒发射的光子来测量。在肿瘤标本制备和组织学方面,用4%中性缓冲福尔马林固定肿瘤组织,石蜡包埋,交宾夕法尼亚州立医学院比较医学组织学核心,切成5μ厚的部分,用苏木精和伊红(H&E)染色。用ImageJ手动追踪和测量肿瘤面积和中央坏死面积,量化坏死与肿瘤的比率。所有动物都被安置在一个12小时光/暗循环的房间里,可以自由获得标准的啮齿类食物,在环境温度下保持在18到23摄氏度之间,湿度在40%-60%之间。本研究中所描述的所有实验都是在宾夕法尼亚州立大学动物保护和使用委员会的批准下并按照其指导方针进行的。
坏死与肿瘤比率的定量研究
采用石蜡包埋、H&E染色对上述异种移植小鼠模型中GBM坏死肿瘤比率进行了定量研究。H&E染色将坏死(N)定义为肿瘤内的脱细胞区(呈淡粉红色),而细胞肿瘤(CT)区域被定义为超细胞区。使用ImageJ中的徒手工具手动跟踪和测量感兴趣区域。由于坏死区在肿瘤内部不均匀分布,同一肿瘤不同部位的坏死与肿瘤比率可能存在显著差异。为了提高定量的准确性,采用3~4步切片(每隔50μ)对同一肿瘤的坏死与肿瘤面积比进行比较,并以这些比值的平均值来表示每个肿瘤(每只荷瘤动物)。
细胞
人GBM细胞株:LN 229(CRL-2611),U87MG(HTB-14),LN 18(CRL-2610),小鼠骨髓母细胞株32D克隆3(CR-11346),人早幼粒细胞白血病细胞系HL-60(CCL-240)。人胶质母细胞瘤细胞在Dulbecco改良的Eagle‘s培养基(DMEM;10-013-CV,Corning)中加入10%胎牛血清(fbs;gibco,10437028)和1%抗生素-抗真菌液(30-004-CI,Corning),37℃加5%CO。2。32D克隆3细胞在Roswell Park纪念研究所(RPMI)1640(10-040-CV,Corning)中培养,加入10%FBS和1%抗生素-抗真菌液,加5ng/ml小鼠白细胞介素-3(IL-3)培养液(CB 40040,热Fisher)。用RPMI 1640加20%FBS和1%抗生素-抗真菌液培养hl-60细胞。将32D克隆3细胞分化为中性粒细胞的方案是从先前描述的协议中改编而来的。37。简略,2×105细胞/毫升在55厘米内播种2上述培养液含100 ng/ml重组人粒细胞集落刺激因子(RHG-CSF;214-CS,R&D),培养14d。将HL-60细胞分化为中性粒细胞的方案是从先前描述的协议中改编而来的。71,75,76。在RPMI 1640中加入10%FBS、1%抗生素-抗真菌液、1μM ALL-反式-维甲酸(Arta;R 2625,Sigma)和30 ng RHG-CSF,作用21天。32d无性系3和HL-60细胞均加入1-2ml新鲜全培养基,每3天加入上述分化因子,调节细胞密度,使细胞密度保持在2×10之间。5和1×106细胞/ml;检测细胞活力和形态学变化。流式细胞术检测HL-60细胞32D克隆3和CD66b(详见抗体部分)Ly6G的表达。这些细胞系均未列入ICLAC和NCBI生物样品维护的错误识别细胞系数据库中。本研究未对这些细胞系进行鉴定。所有细胞系均确认为支原体实验前是阴性的。除非另有说明,细胞生长到50%汇合。在复合处理实验中,细胞(单细胞培养和共培养)在不含RHG-CSF或Arta的中性粒细胞完全生长培养基中播种。
中性粒细胞分离(脑、骨髓和脾脏)
根据该机构动物保护委员会批准的协议,用二氧化碳和颈椎脱位对小鼠进行安乐死。为分离肿瘤相关中性粒细胞,取小鼠颅内肿瘤,用无菌Dulbecco‘s磷酸盐缓冲液冲洗三次(DPBS;21-030-CVR,Corning).肿瘤组织(100~200 mg)被完全切割。用含Hanks平衡盐溶液(HBSS;21-022-CV,Corning)的15毫升锥形管与0.1mg/ml IV型胶原酶(C 5138,Sigma)和0.1mg/ml透明质酸酶(H 6254,Sigma)在37℃下孵育15 min。加入2%的FBS/HBSS混合液,停止消化。细胞在1000 rpm(110×g;St-40离心机,热Fisher)下离心5 min,用2%FBS/HBSS混合液洗涤两次,完全去除消化酶,然后用无菌的40μm尼龙网滤器(22-363-547)过滤。从非荷瘤小鼠骨髓和脾脏中分离中性粒细胞是根据先前描述的方案进行的。77,78。骨髓提取用400×离心法从小鼠的一个股骨和一个胫骨中分离出细胞。g骨骺切开术后4°C时间7 min。脾中性粒细胞分离,取小鼠全脾各取1份。用胰岛素注射器击打40μm尼龙网状网细胞过滤器,在培养皿上用胰岛素注射器压榨脾细胞,使细胞解离。用红血球溶解缓冲液(11814389001,Sigma)溶解肿瘤、骨髓和脾单细胞悬液中的红细胞,用2%FBS洗涤3次,用台盼蓝负载,用自动细胞计数器计数,再用2%FBS在DPBS中进行免疫磁选择或流式细胞术。用细胞核酸荧光染料Sytox-Green(热Fisher)进行流式细胞术检测细胞活力。活力百分比绘制为Sytox-Green。-用常规培养得到的LN 229亲本细胞作为阴性对照,从单个细胞中分离出细胞。
免疫磁选择与免疫图谱通孔流式细胞术
用小鼠中性粒细胞分离试剂盒(130-097-658,Miltenyi Biotec),对肿瘤、脾脏和骨髓中的小鼠中性粒细胞进行免疫磁选。简单地说,在上述细胞解离后,单悬活细胞首先被纯化的大鼠抗小鼠CD 16/32 FC受体阻滞(553141,BD生物科学)阻断,然后进行抗体标记。免疫磁选择用生物素偶联抗小鼠Ly6G标记分离细胞,用抗生物素微球和MS柱(130~042~201,Miltenyi Biotec)进行阳性磁选择。经流式细胞术鉴定,中性粒细胞总数的纯度一般大于90%。用细胞核酸荧光染料Sytox-Green(热Fisher)流式细胞仪检测免疫分离中性粒细胞的活力。活力百分比绘制为Sytox-Green。-用常规培养得到的LN 229亲本细胞作为阴性对照,从单个细胞中分离出细胞。对于流式细胞术,活单细胞悬液浓度为1×10。6从新鲜肿瘤组织中提取的细胞/ml,先用抗小鼠CD 16/32 Fc受体阻滞,然后在室温下表面标记抗CD 45(克隆30-F11)、抗CD11b(克隆M1/70)和抗Ly6G(克隆1A8)抗体20 min。抗体使用的详细信息见下面的抗体部分。然后,细胞被洗三次,再悬浮在1毫升的DPBS中,并在宾州州立医学院的流式细胞术核心的LSRFortessa(BD生物科学)细胞分析仪上运行。
Ly6G介导的中性粒细胞耗竭
稳定表达TAZ的LN 229异种移植瘤4SA如上文所述。植入后2周行生物发光显像(BLI),以确定肿瘤生长的部位。然后根据BLI读数随机分为两组,一组接受单克隆Ly6G抗体,另一组接受同类型对照。为了在坏死形成前开始消耗中性粒细胞,小鼠腹腔注射50克英维沃加大鼠抗小鼠Ly6G,克隆1A8(BE0075-1,BioXcell)或英维沃另加大鼠IgG2a亚型对照,克隆2A3(BE0089,BioXcell),每3天接种100 lDPBS,从植入后2周开始。从植入后3周开始,从植入后4周开始,每2天注射一次消耗抗体或同工型对照。通过外周血涂片和全肿瘤组织流式细胞术监测中性粒细胞耗竭的效果。
利用发光法测定细胞活力
稳定表达TAZ的人GBM细胞(LN 229)4SA在96孔平底板中单独接种3000个细胞,或与中性粒细胞以1:20比例重复培养,37°C孵育15h,在共培养结束时,用荧光素酶分析系统(E 1500,Promega)测定细胞活力。简单地说,细胞用DPBS清洗一次,溶解,并在通过多模式平板阅读器(BmgLabTech)进行发光测量之前,给予溶解在培养基中的D-萤火虫荧光素钾盐(D-萤火虫荧光素钾盐)。用肿瘤细胞单细胞培养的发光法建立基线读数。所有读数在重复井之间平均。将共培养井的空白减影发光归一化为肿瘤细胞单细胞培养,计算存活率。在所有的复合治疗实验中,以相同浓度的同一化合物处理的肿瘤细胞单细胞培养作为正常对照(100%成活率)。
集落形成试验
嗜中性粒细胞共培养后进行集落形成实验,以评估肿瘤的克隆性生存。27。LN 229细胞稳定表达TAZ4SAGFP用DPBS清洗一次,胰蛋白酶化后,与小鼠(32D克隆3)或人(HL-60)中性粒细胞(HL-60)共培养48 h后,在宾夕法尼亚州立医学院流式细胞术核心的FACSAria SORP高效细胞分选器(BD生物科学)中进行荧光活化细胞分选(FACS),结果表明:GFP与小鼠(32D克隆3)或人(HL-60)中性粒细胞共培养48 h,在全中性粒细胞生长培养基中以1:-5比5的比例培养。分类后,400 GFP+肿瘤细胞接种于6孔板的每口完整培养基中,培养10~12d。然后用PBS洗盘子,用结晶紫染色(6101,ENG科学公司)以观察菌落。用ImageJ对集落图像进行扫描和量化。其次,为了评估含有细胞内中性粒含量的肿瘤细胞的活力,在与gfp共培养前,用亲脂性pkh 26红荧光细胞连接染料(pkh26g1-1kT,Sigma)标记小鼠中性粒细胞(32d克隆3)。+塔兹4SA-如上文所述,表达肿瘤细胞。在上述共培养和细胞分选后,将400个绿色荧光和红色荧光双阳性的肿瘤细胞与相同共培养条件下的绿色肿瘤细胞进行共培养,然后进行上述集落形成培养。
细胞活力测定通孔核酸荧光染料
MCherry-表达LN 229Taz(4SA)肿瘤细胞接种于12孔平底板中,密度为50,000个肿瘤细胞/孔,或与未标记的中性粒细胞以1:5比例重复培养,37°C孵育,2天共培养后,细胞被负载活细胞-不渗透核酸染色,Sytox-Green(S 34680,热Fisher)或Sytox-Blue(S 34857,热Fisher),作为死亡细胞的指标,通过流式细胞仪测定细胞活力。简单地说,在共培养结束时,细胞被收获,用浓度为1×10的冷DPBS洗涤三次。6细胞/毫升,用赛托克斯-绿色或蓝色标记的稀释度为1至1000。标记细胞混合物在室温下孵育20 min,用蓝488 nm激光(Sytox-Green)或紫罗兰405 nm激光(Sytox-Blue)进行流式细胞分析。成活率是以樱桃的百分比来表示的。高LN 229中Sytox-Blue信号在每种条件下的细胞门控Taz(4SA)肿瘤细胞单独培养(100%)。PKH细胞活力比较高-和库尔德工人党低/--LN 229Taz(4SA)ZsGreen表达LN 229细胞Taz(4SA)细胞单独接种或与嗜中性粒细胞共培养,前标记为亲脂PKH 26红荧光细胞链接染料,如上文所述。共培养后,细胞被负载活细胞抗渗核酸染色,Sytox-Blue,如前所述,以检查细胞的活力。所有流式细胞术分析采用LSRFortessa(BD生物科学)细胞分析仪在宾夕法尼亚州立医学院流式细胞术核心进行,并使用Flowjo软件V10(BD生物科学)进行分析。
免疫沉淀和免疫印迹
对于标记介导的免疫共沉淀,3×106将标记蛋白标记的细胞在10 cm平板中接种10 cm,用RIPA缓冲液(50 mm Tris,pH7.5,150 mm NaCl,4mm EDTA,1 mm EGTA,1%Triton X-100,0.5%脱氧胆酸钠,0.1%十二烷基硫酸钠,10%甘油,1x磷酸酶抑制剂(Roche)和1x蛋白酶抑制剂(Roche))溶解。细胞裂解液在4°C下用反标志M2亲和凝胶(Sigma)孵育2h,用RIPA缓冲液洗涤3次,用3xFLAG肽(Sigma#F 4799)洗脱,溶解于TBS(10 mm Tris HCl,150 mm NaCl,pH 7.4)中。免疫印迹如下27。细胞在SDS裂解缓冲液(10 mm Tris pH7.5,1%SDS,50 mm NaF,1 mm Na)中溶解。3Vo4)进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),在4-12%双-三-三-十二烷基硫酸钠凝胶(Invitrogen)上,转移到固定化-P膜(微孔)上.隔膜(5%脱脂乳/TBST(0.1%吐温,10 mm Tris,pH7.6,100 mm NaCl)在室温下孵育1h,与5%牛血清白蛋白(BSA)/TBST稀释的初级抗体在4°C过夜,3次洗涤后,与山羊抗兔HRP-结合抗体或山羊抗HRP-结合抗体(7074S和7076S,细胞信号传递技术;1:5000)在室温下孵育2h,用ECL(1856136,皮尔斯)进行化学发光。
免疫荧光染色及显色免疫检测
免疫荧光染色如下27。对组织学标本,石蜡包埋5-μm切片在连续的二甲苯和乙醇(100%、95%、70%和50%)中分离和再水化,然后在10 mm柠檬酸钠缓冲液(pH=6.0)中进行热诱导(95°C)表位检索。室温下用5%BSA/PBS阻断1h后,在4℃下用2.5%BSA/0.05%TritonX-100/PBS稀释原抗体,隔夜孵育。第二天,用0.1%TritonX-100/PBS冲洗3次,然后用2.5%BSA/0.05%TritonX-100/PBS稀释的二次抗体在室温下孵育60~90 min。再用0.1%TritonX-100/PBS洗涤3次,用4,6-二氨基-2-苯环吲哚(DAPI)标记,用PBS冲洗,装在延长金防锈剂(P 10144,Invitrogen)中。用抗兔HRP-民建联细胞及组织染色试剂盒(CTS 005,R&D)对组织标本进行染色免疫检测。除另有规定外,所有初级抗体均在1至100浓度稀释,所有次级抗体在1至200浓度下稀释。
PKH 26/MPO点状定量及免疫细胞化学(ICC)
ZsGreen-表达LN 229Taz(4SA)肿瘤细胞(16,000/孔)分别单独或与上述亲脂PKH 26红荧光细胞连接染料标记的中性粒细胞在37°C下共培养48h。共培养后用DPBS洗涤一次,室温下用4%多聚甲醛固定20 min,在渗透缓冲液(PDT:0.3%去氧胆酸钠,0.3%TritonX-100,PBS)中孵育30 min。随后,在4℃下,用抗小鼠髓过氧化物酶(MPO)抗体(详见抗体部分)染色,用二次抗体孵育,用DAPI标记,并按上述方式安装。除另有规定外,所有初级抗体均在1至100浓度稀释,所有次级抗体在1至200浓度下稀释。染色细胞在0.5m时沿z-宾夕法尼亚州立医学院光镜中心Leica SP 8倒置共焦激光扫描显微镜的轴线。用405 nm半导体激光器和488、561和633 nm氩激光器进行了光学激发。图像以最大强度叠加,用ImageJ 1.50进行合并,荧光点点用图像中的分析粒子函数进行量化。用GFP通道勾画肿瘤细胞,仅对位于肿瘤细胞内的点状(PKH 26和MPO)进行定量。为了检验肿瘤细胞内MPO点状形成是否需要细胞与细胞的直接接触,Ln 229。Taz(4SA)肿瘤细胞被播种在24孔平底板中,如上文所述。取小鼠(32Dcl 3)或人(HL-60)中性粒细胞衍生条件培养液(CM),分别于培养2天的32Dcl 3或HL-60单细胞培养,培养细胞数为对照组的9倍。CM收集后,从32dcl 3或hl-60单细胞培养得到的上清液首先在110×离心。g(St-40,热Fisher)去除细胞碎片4分钟,加入LN 229之前,先在新鲜培养基中稀释1:2。Taz(4SA)肿瘤细胞在结缔组织上预先播种。在我们的第二种方法中,zsGreen表达ln 229。Taz(4SA)在共培养前一天,将肿瘤细胞接种在眼镜蛇舌上。第二天,将分化的小鼠(32Dcl3)或人(HL-60)中性粒细胞(HL-60)接种于含有或不含细胞渗透的0.4 m孔径的聚对苯二甲酸聚对苯二甲酸乙二醇酯(EMD)悬浮细胞培养的24孔板中。细胞共培养两天后,如上述ICC程序所示,用抗人/鼠MPO染色。染色细胞用奥林巴斯CX 41显微镜PLCN40x成像,并通过ImageJ对其进行定量分析。
免疫荧光IHC对内皮细胞、星形胶质细胞和小胶质细胞的定量研究
免疫荧光染色在石蜡包埋5-μm脑肿瘤切片上进行了上述描述.内皮细胞分析用CD 31作为内皮标记物。图像采集在IHC后1~3天内,使用奥林巴斯CX 41显微镜PLCN20x目标覆盖整个切片。在显微镜软件上使用自动照相功能对图像进行拼接。然后将拼接后的全断面图像转换为灰度8位图像,用ImageJ中的分析粒子函数进行阈值化和量化。数据被绘制为CD 31的总数。+细胞面积归一化为每个野区(即肿瘤内与非肿瘤实质)。DAPI图像用于鉴别肿瘤内实质与非肿瘤实质。星形胶质细胞分析以GFAP作为星形胶质细胞的标记物。由于GFAP信号的瘤内异质性,为了避免选择偏差,在其它高功率场(40倍目标)中,从GFAP信号强度最高的区域(细胞肿瘤边缘)采集肿瘤内图像,对感兴趣区域进行间接评价。非肿瘤实质GFAP信号基本均匀,所有非肿瘤实质的图像均来自非肿瘤半球的皮层。小胶质细胞分析以TMEM 119为标记物。由于TMEM 119信号的瘤内异质性和避免选择偏差,在其他高功率场(40x目标)下,从TMEM 119信号强度最高的区域(每个肿瘤内坏死区)采集肿瘤内图像,以间接评价感兴趣区域。非肿瘤实质TMEM 119信号基本均匀,所有非肿瘤实质图像均来自非肿瘤半球的皮层。在利用ImageJ进行阈值化和粒子分析之前,首先将所有图像转换为灰度8位图像。相应的DAPI图像再次用于鉴别肿瘤内和非肿瘤实质,并对每幅图像中的野面积进行量化。数据被绘制为GFAP总数的数字。+或TMEM 119+单元对象归一化为每个图像字段区域。
原位LiperFluo染料负载
为了检测活肿瘤组织中脂质过氧化物的积累,按照制造商的指示(L 248-10,Dojindo分子技术公司)进行了原位Liperfluo染料加载。简单地说,如上文所述,安乐死后,大脑被切除,迅速安装在振动体上(Vibratome 1000,IMEB公司),并迅速淹没在4°C氧合Krebs溶液中进行切片。将荷瘤脑组织切片成300μm切片,放置于30°C氧合克雷布斯溶液的容器中,直至LiperFluo染料加载。在Krebs溶液中浸入LiperFluo(悬浮在DMSO中,终浓度为10μM),在37°C的24个多井板上使用自由浮动免疫标记法加载4 h,偶有轻微的震动。染色标记后,切片在DPBS中洗三次,室温下在黑暗中轻轻摇动,然后放置在镜片上。然后用2%多聚甲醛固定脑片,用DAPI标记进行核显影。
BODIPY-C11和CM-H2DCFDA检测细胞内脂质过氧化物和活性氧
用BODIPY 581/591 C11(D 3861,热Fisher科学)检测细胞内脂质过氧化物,CM-H2DCFDA(C 6827,分子探针,Invitrogen)检测细胞内ROS。为了鉴定细胞(即肿瘤与免疫细胞)细胞内脂质过氧化物和活性氧积累的类型,从新鲜脑肿瘤组织中制备的单细胞悬液首先用抗CD 45(克隆30-F11)标记,然后在含有5μM BODIPY 581/591 C11或2μM CM-H2DCFDA的1 ml HBSS中进行偶发振荡培养15 min。在表面标记和染料加载后,用DPBS洗涤3次,再悬浮于200μl新鲜HBSS中,然后立即使用宾州州立医学院流式细胞术核心设备的BD LSRFortessa(BD生物科学)仪进行分析。
透射电镜
将上述模型小鼠脑肿瘤组织解剖,用冷PBS冲洗一次,于4℃下立即用含2%多聚甲醛和2.5%戊二醛(pH 7.3)的半强度Karnovsky固定液固定。体外共培养8×105稳定表达TAZ的LN 229肿瘤细胞4SA分别于37°C与体外分化的小鼠中性粒细胞(32D克隆3)或人中性粒细胞(HL-60)共培养1~10小时,于37°C下接种60×15 mm Permanox培养皿(Nalge Nunc International),共培养12 h。细胞用温热的PBS洗两次,用Karnovsky固定剂固定在室温下1小时。固定后,将样品送至透射电镜核心进行加工。简单地说,样品在0.1M氯化钠缓冲液(pH7.4)中加入1%四氧化锇溶液固定1h,用分级乙醇系列脱水,然后加入丙酮并嵌入LX-112(Ladd Research,Williston,VT)。在JEOL JEM 1400透射电子显微镜(JEOL USA Inc.,Peabody,MA)上,用醋酸铀酰和柠檬酸铅对薄层(60 Nm)进行染色。
人细胞因子阵列
根据制造商的指示(b 133998,ABCAM),使用基于ELISA的80靶标细胞因子阵列试剂盒(Ab133998)进行了人细胞因子的无偏筛选。简单地说,我们从LN 229中解剖出了整个肿瘤组织。矢量和LN 229Taz(4SA)荷瘤小鼠在到达终点后,通过组织匀浆器在裂解缓冲液(试剂盒中提供)中进行匀浆。所有样品的总溶出蛋白浓度首先用BCA法进行量化,并按照制造商的推荐进行稀释。对每个样品,每个阵列膜使用200微克总蛋白在1毫升阻断缓冲液(在试剂盒中提供)。
抗体、试剂、化合物
流式细胞术抗体:抗小鼠CD11b(101205,Biolegend,稀释1/100),PE抗小鼠CD 45(103105,Biolegend,稀释1/100),bv 421大鼠抗小鼠CD 45(563890,BD生物科学,稀释1/100),抗小鼠CD 16/32 fc受体阻滞(CAT#553141,地段9060742,BD生物科学,0.25μg/10)。6)。
IHC、ICC和发色免疫检测抗体:超纯化大鼠Ly-6G(1a8,127620,biolegend),兔抗小鼠/人髓过氧化物酶(ab9535,abcamm),抗小鼠/人ptgs 2(克隆H-3,sc-376861,Santa Cruz),抗小鼠/人COX 2(D5h5)xp(CAT#12282 S,lot#5,cell信号技术),小鼠抗人CEACAM 8/CD66b(g10F5,Novus biologals),兔抗谷胱甘肽过氧化物酶4,gpx 4(ab125066,Abcamm),N-herin(13-A9,sc-59987,Cruz Cruz技术),抗生物粘附素(ccad-cad 8/cd66b,g10f5,Novus biologals),兔抗谷胱甘肽过氧化物酶4,gpx 4(ab125066,abCAM),N-herin(13-A9,细胞信号技术),兔抗人/鼠GFAP(D1F4Q,12389S,细胞信号技术),兔抗小鼠TMEM 119(28-3,ab 209064,ABCAM)和小鼠抗HA.11(16B12,MMS-101 R,Biolegend)。对于IHC和ICC,所有的原始抗体在1/100稀释时使用,次级抗体在1/200稀释时使用)。
免疫印迹抗体小鼠抗人纤维连接蛋白(EP5)克隆;圣克鲁兹,sc-8422,稀释1/5000),兔抗人CD 44(b 157107,Abcamm,稀释度1/10,),兔抗人CTGF(86641,细胞信号技术,稀释1/5000),小鼠抗β-actin(3700,细胞信号技术,稀释1/20,稀释),Gpx 4(克隆E-12,sc-166570,圣克鲁兹,稀释1/1000),TAZ(V 386,4883S,细胞信号技术,稀释1/1000),抗人ACSL 4(F-4,sc-365230,圣克鲁斯生物技术,稀释1/1000),抗小鼠/人MPO(ab9535,ABCAM,稀释1/1000),抗人MPO(E1E7I,14569,细胞信号技术,稀释度1/1000),抗人GAPDH(0411,sc-47724,圣克鲁斯生物技术,稀释1/5000),山羊抗兔HRP结合抗体(7074S,细胞信号传导技术,稀释1/5000),山羊抗鼠HRP结合抗体(7076S,细胞信号传导技术,稀释1/5000)。
抑制剂筛选用的化合物和最终浓度:Z-VAD-fmk(HY-16658,MedChem Express,25 M),坏死抑素-1(11658,开曼化学品,30 M),GSK‘872(530389,EMD,15 M),奈克磺酰胺(20844,开曼化学品,1 M),Ferrostatin-1(SML 0583,Sigma,2 M),Liproxstatin-1(SML 1414,Sigma,0.2 M),N-乙酰半胱氨酸(A 7250,Sigma,5mm),甲磺酸去氧胺盐(D 9533,Sigma,0.1-0.2mm),PF06282999(PZ-0375,Sigma2M),4-氨基苯肼,4-Abah(103200050,Acros Organics,2M)。以上所有化合物,除N-乙酰半胱氨酸(仅溶于水),在细胞处理前溶解于2-氧戊二酸二甲酯(DMSO;349631,Sigma)。
基因表达与沉默
宝贝-新的-塔兹(4SA)26由坤良关博士慷慨资助。宝贝-新的-塔兹(4SA-S51A)是利用快速诱变试剂盒(Stratagene)进行定点诱变产生的。MGC人Gpx 4序列验证的cdna(mhs 6278-202801819)是从dharmacon获得的,并被亚克隆到pBabe-puro载体上,在氨基酸末端带有标志-HA-标记,以生成pBabe-puro-标志-HA-Gpx 4。编码靶向shRNAs的慢病毒载体ACSL 4(#41:TRCN0000045541;#42:TRCN0000045542)ACSL 4LN 229击倒Taz(4SA)。编码靶向小鼠的shRNAs的慢病毒载体MPO(什-MPO#45:TRCN0000076745;Sh-MPO#46:TRCN0000076746)和人类MPO(什-MPO#03:TRCN0000046003;(Sh-MPO#04:使用TRCN0000046004)生成MPO在分化的小鼠(32Dcl3)或人(HL-60)中性粒细胞样细胞中被击倒。在培养基中稀释2 g/ml普罗霉素,筛选出所有表达shRNA的阳性克隆。培养阳性克隆,并在含有2μg/ml普罗霉素的分化培养基中进行扩增(如前所述)。筛选后每周对阳性无性系进行一次Westernblotting验证。所有的shRNA都来自宾州shRNA库的核心设施。
基因表达数据集分析
GBM基因表达数据集已从常春藤成釉细胞瘤Atlas项目下载(Https://glioblastoma.alleninstitute.org/)。对肿瘤坏死区(PNZ)与细胞肿瘤区(CT)差异表达的基因,直接通过网站进行比较。对于独创性路径分析,1.5倍和P < 0.05 were used as the cutoffs for differentially expressed genes. Indirect relationships were chosen. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) was performed using GSEA 4.0 software provided by the Broad Institute (Http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp)。用于分析的基因集是通过调查已发表的研究而产生的,这些研究显示了与铁下垂有关的基因。19,20。根据这些基因的参考文献,将这些基因分为促下垂(正向作用)基因和抑制(负向作用)基因。